No laboratório são realizadas avaliações agronômica, morfológica e fisiológica de forrageiras. Juntamente com as casas de vegetação, constitui um centro de apoio para todas as linhas de pesquisa vegetal na Embrapa Pecuária Sul. Também são realizadas avaliações nutricionais de plantas forrageiras que são empregadas na alimentação de animais.

É utilizado no desenvolvimento de produtos cárneos focando na agregação de valor, análises sensoriais da carne e de seus derivados por equipes treinadas de avaliadores (aroma, sabor, maciez, suculência, etc.) e também por consumidores.

O Laboratório de Estudos em Agroecologia e Recursos Naturais (LABECO), por meio de sua estrutura física, pesquisadores, apoio à pesquisa e colaboradores externos, concentra ações de pesquisa para a promoção da construção de estratégias sustentáveis de uso dos recursos naturais campestres, tendo como base os pressupostos da Agroecologia.

Oferece suporte às pesquisas que envolvem diagnóstico parasitológico, especialmente de parasitas gastrintestinais nos rebanhos da Embrapa Pecuária Sul. Tem como objetivo também apoiar as linhas de pesquisa com ectoparasitas de animais de produção, com foco no controle do carrapato bovino, por meio da prestação de serviço de diagnóstico de resistência/susceptibilidade aos carrapaticidas de contato, através do teste de Biocarrapaticidograma. No setor de Imunologia e Microbiologia, o laboratório apoia estudos de desenvolvimento de vacinas e testes de diagnósticos de doenças causadas por patógenos, como o desenvolvimento de teste imunodiagnóstico para a Tristeza Parasitária Bovina, podendo ser utilizado também para outras doenças causadas por parasitas e bactérias que afetam a pecuária na região Sul do Brasil.

Nesse laboratório são feitas avaliações agronômica de sementes, dando suporte ao desenvolvimento de novas cultivares. Também é utilizado para e armazenagem catalogada em câmara climática de sementes, bem como a análise de qualidade e de pureza de sementes

Na Central Analítica são realizadas análises laboratoriais de suporte para projetos de pesquisa da Embrapa Pecuária Sul. Os laudos fornecidos pelo laboratório proporcionam melhor conhecimento do valor nutritivo dos alimentos disponíveis para alimentação dos ruminantes, colaborando no cálculo de dietas que possibilitem maximizar a resposta animal e utilizar eficientemente as fontes de alimento disponíveis nos sistemas de produção. A Central Analítica avalia também a qualidade nutricional de carne, leite e seus derivados, assim como em novos produtos elaborados na Unidade. A Central Analítica avalia também a qualidade nutricional de came e seus derivados, azeite de oliva e coprodutos da olivicultura, silagem, fezes, solos, entre outras matrizes.

O laboratório de reprodução conta com infraestrutura para execução de experimentos que incluem avaliação folicular, sincronização de cios e inseminação artificial de fêmeas bovinas, e ainda, avaliação da ovulação e inseminação artificial por laparoscopia em ovelhas. Adicionalmente, são implementadas pesquisas referentes à avaliação e congelação de sêmen ovino.