A Embrapa Pesca e Aquicultura teve sua sede própria inaugurada em maio de 2016. A infraestrutura possui escritórios para as equipes de Pesquisa e Desenvolvimento, Transferência de Tecnologia, Administração, Núcleo de Tecnologia da Informação, Núcleo de Comunicação Organizacional, Secretaria e suas respectivas chefias.

Além disso, a sede conta com laboratórios de Tecnologia do Pescado; Patologia; Histologia e Fisiologia; Biologia; Biotecnologia; Ecofisiologia e Produção Vegetal; Matéria Orgânica do Solo / MOS e Gases de Efeito Estufa / GEE; Química dos Solos; Física dos Solos; Biofísica Ambiental; Qualidade da Água; Bromatologia; Química Analítica e Solos.

A sede funciona em área da antiga fazenda Caracol, doada pelo governo do estado do Tocantins. Além da estrutura já descrita, a Unidade conta com sala multiuso equipada para realização de capacitações, refeitório e área de apoio para empregados terceirizados.

Há, ainda, dois campos experimentais: o Campo Experimental de Aquicultura (CEAq) ligado ao Núcleo Temático de Pesca e Aquicultura e o Campo Experimental de Sistemas Agrícolas (CESAg), ligado ao Núcleo Temático de Sistemas Agrícolas.