A Embrapa Pesca e Aquicultura teve sua sede própria inaugurada em maio de 2016. A infraestrutura possui escritórios para as equipes de Pesquisa e Desenvolvimento, Transferência de Tecnologia, Administração, Núcleo de Tecnologia da Informação, Núcleo de Comunicação Organizacional, Secretaria e suas respectivas chefias.

Além disso, a sede possui um parque de laboratórios com 50 salas laboratoriais abastecidas com equipamentos de ponta para atender as ciências da vida e exatas, contando com Laboratórios de Biotecnologia do DNA e do RNA, Biotecnologia Genômica, Biotecnologia Reprodutiva, Conservação in vitro e Criopreservação, Biologia Aquática, Sanidade, Fisiologia e Histologia, Tecnologia do Pescado, Qualidade da água, Produção Vegetal, Entomologia, Fitopatologia, Biofísica Ambiental e Física dos Solos, Química Analítica e Bromatologia.

A sede funciona em área da antiga fazenda Caracol, doada pelo governo do estado do Tocantins. Além da estrutura já descrita, a Unidade conta com sala multiuso equipada para realização de capacitações, refeitório e área de apoio para empregados terceirizados.

Há, ainda, dois campos experimentais: o Campo Experimental de Aquicultura (CEAq) ligado ao Núcleo Temático de Pesca e Aquicultura e o Campo Experimental de Sistemas Agrícolas (CESAg), ligado ao Núcleo Temático de Sistemas Agrícolas.