A coordenação das atividades da Embrapa Solos se faz em sede própria, em uma área de 10.000 m² situada na rua Jardim Botânico, 1.024, na cidade do Rio de Janeiro. As instalações contam com área administrativa, salas de trabalho, um auditório para 120 pessoas, salas de reunião, biblioteca, espaços para convivência, uma unidade demonstrativa de agricultura urbana e um laboratório na área de geoprocessamento para a agricultura digital e 21 laboratórios nas áreas de pedologia aplicada e tecnologias em fertilizantes e novos insumos para solos tropicais.

A Unidade de Execução de Pesquisa e Desenvolvimento de Recife (UEP Recife), vinculada à Unidade, está instalada no bairro de Boa Viagem, no Recife, em uma edificação de 600 m² de área construída, sendo constituída de área administrativa, salas de pesquisadores e técnicos, sala de tecnologia da informação, almoxarifado e garagens. Conta ainda com um laboratório de geoprocessamento, biblioteca e mapoteca especializadas em solos do Nordeste e auditório com capacidade para 50 pessoas – saiba mais sobre a UEP Recife.