A genética molecular é uma ferramenta adicional, a qual provê informações para a detecção e a exploração de genes ou de regiões cromossômicas com maior influência sobre características de importância econômica. Isto se torna possível a partir do desenvolvimento de mapas densos de ligação entre marcadores genéticos para muitas espécies de animais domésticos. Embora cada tipo de marcador genético apresente vantagens e desvantagens, os únicos polimorfismos com densidade suficiente para preencher requisitos importantes para o mapeamento de genes são os chamados Single Nucleotide Polymorphisms (SNP). Esses permitem identificar e estudar genes que influenciam características de interesse e viabilizar novas alternativas de avaliação genética e de seleção, como no caso da seleção genômica, cuja implementação para diferentes espécies domésticas é o objetivo principal desse projeto. Inicialmente, serão estudados bovinos leiteiros e de corte, ovinos e caprinos.