Quando mantidas em condição ambiente, as pimentas murcham rapidamente. Por isso, mantenha-as na parte mais baixa da geladeira, devidamente acondicionadas em vasilha tampada ou em saco de plástico. Quando colocadas diretamente na geladeira, sem embalagem, elas murcham rapidamente e podem passar seu aroma para outros alimentos. Preferencialmente, lave os frutos somente antes de utilizá-los.

Quando comprar as pimentas embaladas, examine-as antes de refrigerá-las e elimine frutos com início de podridão, evitando assim que eles contaminem os frutos sadios.

Você pode congelar as pimentas, lembrando-se que elas perdem a crocância quando descongeladas. Nesse caso, elas poderão ser usadas em pratos cozidos, em que o sabor da pimenta é conservado e a textura não é importante. Congele os frutos inteiros ou picados diretamente após lavá-los em água corrente e secá-los com papel-toalha ou pano de prato limpo.

Se for utilizá-las cruas após o congelamento, recomenda-se que os frutos sejam sanitizados com produtos à base de cloro próprios para frutas e hortaliças, antes do congelamento.

O consumo da pimenta-de-cheiro é predominantemente de fruto fresco. Diferentemente da malagueta e da pimenta dedo-de-moça, agrega sabor e aroma sem tornar o prato picante.

No Norte do Brasil, essa pimenta é muito usada no preparo de peixes, enquanto no Centro-Oeste não pode faltar no empadão goiano e nas pamonhas salgadas.

Em qualquer região do Brasil, ela pode substituir o pimentão no preparo de pratos quentes e frios ou agregar seu sabor e aroma únicos em pratos diversos, como carnes, risotos, sopas, pizzas, tortas salgadas e saladas. Como seu aroma é muito pronunciado, acrescente a pimenta-de-cheiro aos poucos até o preparo atingir um equilíbrio, evitando assim que ela se sobreponha a todos os demais ingredientes.

"Ají dulce", "ají catucha", "ají gustoso" são pimentas semelhantes à nossa pimenta-de-cheiro, muito apreciadas em vários países latino-americanos, como Cuba, Porto Rico, Venezuela e República Dominicana. Na culinária desses países, essas pimentas são usadas na elaboração do "sofrito", que nada mais é que um refogado que serve como base para o preparo de diversos pratos. Os ingredientes básicos para elaboração do 'sofrito 'são: pimenta, pimentão, cebola, alho e coentro, mas inúmeras variações podem ser encontradas com adição de outros temperos.