Como as demais pimentas, a habanero pode ser mantida em condição ambiente por poucos dias. Porém, se precisar conservá-las por mais tempo, embale-as em saco de plástico próprio para alimentos ou vasilhas de plástico ou de vidro com tampa e armazene-as na parte baixa da geladeira. Após a colheita, os frutos naturalmente perdem água e ficam murchos. Mesmo que conservem a picância quando murchos, eles perdem a crocância do fruto recém-colhido, característica desejável para seu consumo na forma fresca.

Evite lavar os frutos antes de armazená-los em geladeira. Se precisar fazê-lo, enxugue-os bem antes de guardá-los. A presença de água na casca, em especial nas reentrâncias do fruto, favorece o apodrecimento.

Para congelar, prefira frutos inteiros. Selecione frutos de boa qualidade, tanto verdes quanto maduros, antes que eles murchem. Lave e seque bem as pimentas com pano de prato limpo ou papel-toalha antes de embalá-las em vasilha própria para congelamento.

Lembre-se que o congelamento mantém, mas não melhora, a qualidade do alimento. Por isso, se você tem em casa uma quantidade de pimenta maior do que é capaz de usar no curto prazo, congele o produto ainda fresco.

Por sua alta picância, a habanero não é usada como hortaliça, ou seja, como ingrediente principal do prato. Ela sempre é usada como condimento, para realçar o sabor e acrescentar ardência a diversos tipos de pratos. O seu sabor levemente frutado pode ser acentuado grelhando os frutos, o que também contribui para diminuir a ardência.

Seu principal uso é como ingrediente no preparo de molhos, geleias, pastas, picles e "chutney" (conserva agridoce). Na indústria, ela é usada na fabricação de molhos, combinada ou não com pimentas menos picantes como a jalapeño.

Quando consumida fresca, há preferência por frutos maduros de cor vermelha ou laranja. Nem por isso deixe de provar a habanero verde e descubra você mesmo as diferenças e usos mais adequados para cada estágio de maturação. Utilize-a fresca para temperar diversos tipos de pratos, como sopas, saladas, recheios de tortas, pastéis e omeletes.

A habanero também é apreciada em pratos doces, como geleias de frutas, sorvetes e mesmo em coquetéis de frutas. A combinação manga e habanero é uma das favoritas entre os apreciadores dessa pimenta.