Mantenha os frutos em condição ambiente por dois a três dias. Se precisar conservá-los por mais tempo, coloque-os em geladeira após embalá-los em saco de plástico próprio para alimentos ou vasilha tampada de vidro ou de plástico. Nessa condição, podem ser mantidos por várias semanas. Mesmo quando perdem parte do brilho e tornam-se mais flácidos pela perda de água, os frutos mantém o sabor e a ardência.

É importante embalar as pimentas antes de refrigerá-las para evitar seu murchamento, visto que o ar dentro da geladeira tem baixa umidade e favorece a perda de água pelos frutos.

Para congelar, não é preciso fazer branqueamento. Congele as pimentas inteiras ou cortadas, em sacos de plástico ou vasilhas próprias para congelamento. Em congelador doméstico, podem ser mantidas por até seis meses, a exemplo de outras hortaliças.

As pimentas também podem ser desidratadas ou mantidas em conservas à base de óleo vegetal ou de vinagre.

A jalapeño é uma pimenta muito versátil e pode ser consumida crua ou cozida, tanto verde quanto madura. Os frutos tornam-se mais picantes e adocicados quando amadurecem. Normalmente as sementes são removidas antes do preparo dos pratos.

Frutos verdes podem ser preparados na forma de picles, recheados com queijo ou carne e assados como pimentão. Eles também podem ser grelhados, temperados com limão e sal e servidos como acompanhamento (”chiles toreados") ou empanados e fritos. Os frutos maduros podem ser usados em molhos caseiros e em conservas em azeite ou em vinagre. Verdes ou maduros, podem ser usados crus, como tempero em todos os tipos de prato, assim como no preparo de geleias e "chutneys".

Nos EUA, é muito comum consumir picles de jalapeño verde fatiado sobre "nachos" e em recheios de sanduíches.

A jalapeño é uma das pimentas mais populares no México, sendo usada como tempero e hortaliça. Ingrediente indispensável das "enchiladas" (panqueca de milho), também aparece em recheios de tacos, tortilhas, "quesadillas" (tortilla recheada e grelhada) e bolinhos de milho. Pratos à base de feijão, como "Frijoles estilo Chiapas" e "Frijoles Borrachos" também são temperados com pimenta jalapeño.