Portfólios são instrumentos perenes de apoio gerencial para organização de programas, plataformas e projetos em grandes temas estratégicos associados às agendas globais. A missão é direcionar a produção de soluções em pesquisa, desenvolvimento e inovação (PD&I) para demandas globais e suas interfaces com as demandas nacionais, regionais e territoriais. Para isso são consideradas as megatendências apontadas para a agricultura brasileira, bem como forças modeladoras do futuro.

Têm o objetivo de assegurar a melhoria contínua da sua programação, reduzir redundâncias, maximizar o uso dos recursos públicos e possibilitar maior coordenação dos esforços e das suas competências.

Podem ser organizados tanto sob a ótica corporativa (top-down), com o propósito de encontrar soluções para demandas nacionais, institucionais ou de governo); quanto sob a ótica das Unidades Descentralizadas (bottom-up) para produzir soluções para demandas regionais, territoriais, de biomas ou de cadeias produtivas.

Os portfólios organizam suas prioridades de PD&I sob a forma de desafios de inovação, que descrevem as principais oportunidades e demandas das cadeias produtivas, de forma conectada aos objetivos estratégicos da Embrapa, no âmbito do foco de cada portfólio.

Atualmente, a Embrapa possui nove portfólios que têm como objetivo incrementar o direcionamento estratégico da programação definido pelas metas de impacto e pelos objetivos estratégicos da empresa, bem como aos desafios das megatendências apontadas no Documento Visão: 2030, por meio dos desafios de inovação.

Focado na adequação dos processos produtivos com vistas à segurança alimentar e ao desenvolvimento sustentável para obtenção de produtos vegetais e animais com qualidade e com níveis de resíduos de agrotóxicos e contaminantes em conformidade com o que estabelece a legislação sanitária, mediante a aplicação de boas práticas agrícolas. O propósito é favorecer o uso de recursos naturais e a substituição de insumos poluentes, garantindo a sustentabilidade e a rastreabilidade da produção agropecuária, associados ao aumento de eficiência produtiva com aplicação de novas tecnologias, métricas, indicadores voltados para a competitividade e a sustentabilidade.

Focado no enfrentamento dos desafios ambientais e na promoção do desenvolvimento sustentável, com ênfase na redução da pressão sobre os biomas na busca pela preservação ambiental e na viabilização de tecnologias adaptativas no combate às mudanças climáticas. É apoiado no conhecimento, mapeamento e monitoramento nos diversos níveis escalares e espaciais dos recursos naturais (solo, água, biodiversidade, florestas e recursos minerais), ancorados em plataformas de dados territoriais, por bioma, por regiões, por estados ou municípios. O portfólio está também associado a dados de recursos naturais confrontados com dados de uso da terra para gerar informações sobre os serviços ecossistêmicos, ambientais e agroambientais, propondo soluções e políticas públicas para adequação do território visando conciliar desenvolvimento econômico com preservação ambiental e garantir  um futuro mais sustentável para o Brasil.

Focado na oferta de produtos, processos e sistemas conexos e perceptíveis pelos consumidores às novas tendências do mercado, alinhados aos conceitos de saudabilidade, sustentabilidade, acessibilidade, rastreabilidade, certificação, segurança do consumidor, qualidade nutricional, funcional ou sensorial, novas fontes proteicas e práticas de produção e processamento relacionados ao bem estar animal. A ênfase do portfólio reflete o movimento crescente de protagonismo do consumidor na definição dos atributos de obtenção, logística e processamento de alimentos e outros produtos agropecuários que afetam diretamente os sistemas de produção, a tomada de decisão de compra e recompra e os mecanismos de agregação de valor.

Focado no desenvolvimento de uma agricultura mais sustentável, equilibrando produtividade, qualidade e cuidado com o meio ambiente com vistas a segurança alimentar e saúde única. Promover a redução do desperdício de alimentos em toda as etapas da cadeia de produção agroalimentar. Interconectar a saúde humana vs plantas vs animais vs meio ambiente propondo soluções tecnológicas para o setor agropecuário com menor uso de insumos químicos, plantas mais resistentes a pragas e doenças, biofortificação de alimentos, revitalização dos solos. E apoiar à segurança e defesa zoofitossanitária e políticas públicas associadas.

Tem como foco fortalecer o potencial da agricultura com equilíbrio ao meio ambiente ofertando novos produtos da biodiversidade e compostos bioativos derivados (cosméticos, fármacos e medicinais) incluindo produtos florestais madeireiros e não madeireiros. Contribuir para o uso sustentável dos recursos da sociobiodiversidade e seus usos potenciais dos Biomas Amazônia, Caatinga, Cerrado, Pantanal, Pampa e Mata Atlântica.

Tem como foco fortalecer o potencial da agricultura com equilíbrio ao meio ambiente ofertando novos produtos a partir de biomassa e resíduos agrícolas e agroindustriais (por exemplo: novos materiais, químicos, biocombustíveis), estabelecendo novos vínculos entre a agricultura e a indústria. Objetiva ainda ampliar o uso de bioinsumos utilizados na agricultura e na produção de alimentos para melhorar a saúde do solo; aumentar a produtividade e reduzir o impacto ambiental (por exemplo: fertilizantes orgânicos, biopesticidas e biofertilizantes); e gerar produtos e tecnologias para o desenvolvimento e uso de energias renováveis.

Tem como foco contribuir para a geração de soluções tecnológicas inovadoras em sistemas agroecológicos ou orgânicos de produção de alimentos, que preservem e melhorem a saúde de produtores e consumidores, possibilitando o uso racional dos recursos naturais e socioeconômicos disponíveis, de forma a ampliar a sustentabilidade social, econômica e ecológica da agricultura com vistas ao desenvolvimento territorial. Este portfólio é fortalecido por plataformas colaborativas regionais com diversos atores, como por exemplo as redes sociotécnicas, e orientado pelo objetivo de fortalecer ou promover processos que acarretem em mudança social.

Tem como foco os avanços das ciências biológicas, que, associados ao desenvolvimento acelerado das tecnologias de informação, comunicação, emergentes e disruptivas viabilizando a redução de impactos ambientais, gestão territorial, descarbonização e rastreabilidade. Destacam-se os temas relacionados aos avanços: em tecnologias genéticas; uso da genômica e melhoramento de precisão; inovações em biossistemas de precisão; microbioma de plantas e animais para a sustentabilidade no agro; novos insumos em expansão, dentre outros o uso da nanotecnologia no agro. Associado ao conhecimento das aplicações de Inteligência Artificial visando acelerar a sistematização das informações sobre os recursos naturais dos biomas / territórios / regiões / municípios conexas as cadeias produtivas respectivas com vistas a geração de alertas se aquela porção do território está sendo usada de forma sustentável e de acordo com sua capacidade vocacional.

Tem como foco modernizar e otimizar o setor agropecuário – denominada Agricultura Digital (AD). Várias tecnologias digitais estão desempenhando um papel significativo nesta transformação com a incorporação de conceitos da indústria 4.0 e de tecnologias como a computação em Nuvem: sistemas robóticos, Internet das Coisas (IoT) e Sensores, Inteligência Artificial (IA), Plataformas Virtuais e Aplicativos, Automação, Rastreabilidade, Certificação e Sustentabilidade. A transformação digital na agropecuária, a automação agrícola e a agricultura de precisão e agricultura digital não apenas aumentam a produtividade, mas também contribuem para a sustentabilidade e a segurança alimentar. Associado a acessibilidade, interoperabilidade e reprodutividade de dados abertos seguindo a tendência atual de gestão e compartilhamento em plataformas colaborativas com uso de arquiteturas big data e ferramentas de mineração de dados.