A cebola pode ser atacada por várias espécies de fungos; somente no Brasil, mais de 25 já foram relatadas. Os fungos são de longe o grupo de patógenos com maior número de espécies atacando a cebola e o ataque pode ocorrer desde a pré emergência até a pós colheita. Algumas espécies merecem destaque, por causarem doenças de elevada importância econômica. Além disso, algumas doenças fúngicas da cebola tem importância mais regional, como a podridão branca, o míldio e a queima de botritis. Outras são importantes em todas as regiões onde a cebola é cultivada, como a antracnose, a mancha púrpura e a raiz rosada. Várias medidas de controle podem ser utilizadas para o controle das doenças fúngicas da cebola e o uso de fungicidas é um item importante no manejo daquelas de parte aérea. Entretanto, aquelas causadas por patógenos de solo devem ser manejadas principalmente através de resistência genética e/ou por medidas preventivas de controle.