Vários fungos e bactérias patogênicos são capazes de infectar os bulbos de cebola durante a fase de cultivo e após a colheita, e ocasionar desde perdas cosméticas e superficiais nas escamas externas até a deterioração completa dos bulbos. Embora a maior parte destas doenças apareçam somente no período de pós-colheita, a infecção pode ocorrer em diferentes estádios de desenvolvimento da cultura.

Em relação às doenças causadas por fungos, em regiões tropicais é comum a incidência do mofo-preto (Aspergillus) e mofo-verde (Penicillium) como causadores de perdas pós-colheita em cebola, enquanto a podridão-aquosa (Botrytis allii) é mais importante em regiões de clima mais ameno.

Outras doenças de pós-colheita em cebola causadas por fungos são antracnose (Colletotrichum circinans), podridão-basal (Fusarium oxysporum f. sp. cepae) e podridão-branca (Sclerotium cepivorum).

Entre as bactérias, as mais importantes são as podridões do bulbo ou das escamas causadas por Pectobacterium spp. e Dickeya spp. (Erwinia spp.), Burkholderia cepacia (Pseudomonas), Pseudomonas viridiflava e P. gladioli pv. alliicola. Também existem registros do envolvimento de uma levedura (Kluyveromyces marxianus) como causadora de podridão.

Em muitos casos, podem ocorrer doenças pós-colheita causadas por mais de um patógeno, envolvendo inclusive fungos e bactérias. A bactéria Burkholderia cepacia pode iniciar a infecção das escamas e Pectobacterium afetar o restante do bulbo a partir destas escamas. Situação semelhante pode ocorrer com fungos, com Pyrenochaeta causando a podridão-rosada das raízes e posteriormente Fusarium colonizando toda a região basal dos bulbos.