As medidas de controle mais eficazes das podridões da cebola são associadas à redução de ferimentos e da umidade do ambiente, seja no campo, em especial no final do ciclo, ou no armazenamento e transporte.

Durante o cultivo, a irrigação por sulcos é mais adequada, pois a irrigação por aspersão favorece a disseminação da bactéria e a infecção. Se feita por aspersão, a irrigação deve ser controlada no final do ciclo e interrompida no momento adequado.

A época de colheita, que deve ser realizada em clima seco e após o estalo, é importante para reduzir a chance de entrada da bactéria. Cultivares com pescoço grosso e estalo desuniforme, bem como adubações desbalanceadas - em especial com excesso de nitrogênio, favorecem a infecção e, portanto, devem ser evitadas, principalmente quando a colheita coincide com período chuvoso.

A aplicação de fungicida à base de cobre no final do ciclo, quando ocorrer condição de ferimento, de alta umidade ou estalo desuniforme, é uma medida auxiliar para proteger os bulbos de infecção.

A secagem artificial dos bulbos antes do armazenamento e transporte é recomendada no caso de colheita de bulbos molhados. O armazenamento e o transporte devem ser feitos em ambientes ventilados.