Entre as principais doenças fúngicas da parte aérea, cujos agentes causais não apresentam a capacidade de sobreviver no solo, podem-se citar a mancha-angular, a antracnose, a ferrugem, a mancha de Alternaria, a sarna e o oídio. Um grupo de patógenos, por sua vez, caracteriza-se por sobreviver no solo durante vários anos, mesmo na ausência da cultura, atacando principalmente o sistema radicular ou até mesmo a parte aérea das plantas e causando doenças como murcha de Fusarium, podridão-cinzenta da haste, podridão-radicular-seca, mela do feijoeiro e mofo-branco.