A citogenética estuda os constituintes celulares portadores da informação genética, ou seja os cromossomos. As pesquisas científicas desenvolvidas nesta área estão associadas ao melhoramento genético vegetal e visam a seleção de material genético de uma determinada espécie. Os estudos citogenéticos iniciados na Embrapa Trigo datam das décadas de 70 e 80 e, desde então, vêm impulsionando as demais áreas da biotecnologia. Atualmente, as análises realizadas referem-se à viabilidade polínica e estabilidade genética durante os processos de cruzamentos, a fim de monitorar as progênies resultantes e o mecanismo de herança das espécies. Isso permite o uso de procedimentos adequados à manipulação genética em um programa de melhoramento, bem como na bioprospecção de genes agronomicamente importantes.