O DNA é a molécula que guarda a base da informação genética que vai guiar a formação de todos os animais. Isso faz com que as informações contidas no DNA de indivíduos da mesma espécie sejam muito conservadas (parecidas). Entretanto, o DNA de indivíduos da mesma espécie, até mesmo entre irmãos ou entre pais e filhos, possuem pequenas variações que chamamos de polimorfismos. É graças aos polimorfismos que somos um pouco diferentes uns dos outros quanto a características como altura, cor de pele, cor de olho, tipo sanguíneo, comportamento, etc. Esse mesmo tipo de polimorfismo do DNA também controla características importantes para produção animal, como ganho de peso, produção de leite, constituição de carcaça, resistência a doenças, fertilidade, entre muitas outras.

Dessa forma ao conhecermos a informação genética que vai gerar uma determinada característica de interesse, como fertilidade, podemos escolher com mais precisão os indivíduos que serão utilizados como reprodutores (matrizes) para constituir a próxima geração (por exemplo um rebanho). Quando fazemos isso estamos selecionando indivíduos com base em informações do seu DNA (genótipo).

O grande desafio é encontrar dentre os milhares de pequenos polimorfismos presentes no DNA de todos os indivíduos, aqueles poucos que vão controlar as características que nos interessam (veja o tema prospecção de genes nessa mesma árvore). Uma vez que descobrimos um (ou um conjunto) de polimorfismos que serão importantes para as características com as quais trabalhamos, passaremos naturalmente a ter a necessidade de saber qual padrão polimórfico de cada animal do nosso rebanho.

A genotipagem é justamente o processo pelo qual identificamos cada polimorfismo de interesse para um grande número de animais. Assim podemos saber se um animal que acabou de nascer, um feto, ou até mesmo um embrião, terá ou não maior propensão a desenvolver (manifestar) uma determinada característica de interesse.

Existem várias técnicas para se genotipar um animal. O próprio teste de paternidade de que tanto ouvimos falar é um tipo de genotipagem, com objetivo de identificarmos indivíduos. Todas as técnicas de genotipagem são fundamentadas na extração do DNA do animal, que pode ser de qualquer tecido (vivo ou morto) que contenha células com DNA. Pela maior facilidade de obtenção, normalmente usamos o sangue ou o bulbo capilar como fonte do DNA a ser analisado. Outra forma de se conhecer quais polimorfismos possui um animal, seria pela análise dos fragmentos de DNA amplificados por PCR (Reação Polimerásica em Cadeia), em uma máquina de sequenciamento de DNA e assim descobrir a identidade daquele trecho da informação contida no DNA e, consequentemente, saber quais polimorfismos estão presentes ali.

Hoje em dia, a genotipagem pode ser associada ao melhoramento clássico (seleção de indivíduos pelo seu fenótipo) e com isso ajudar no processo de escolha dos animais a serem utilizados como matrizes do rebanho. Esse sistema é conhecido como seleção assistida por marcadores (MAS) ou seleção assistida por genes (GAS) e apesar de seu uso ainda ser experimental e limitado, suas perspectivas futuras são promissoras.