Entre os fatores que limitam a utilização do Sistema Plantio Direto (SPD) o mais importante é o desconhecimento do conjunto de técnicas que compõem este sistema. Essa inadequação gera insuficiente motivação e entusiasmo, medo de mudar e insegurança na tomada de decisão. O conhecimento e a experiência são condições necessárias ao sucesso deste sistema.

A adoção de qualquer conjunto tecnológico, incorre em vantagens e desvantagens. Se as condições necessárias e suficientes para a adoção do SPD forem previstas e supridas, com certeza, as vantagens superarão substancialmente as desvantagens.

Em relação às necessidades principais, é fundamental considerar, além do domínio da tecnologia pelo agricultor, a presença contínua da assistência técnica, a eficiência dos equipamentos (semeadora, roçadora, pulverizador, entre outros), o planejamento do estabelecimento rural com a distribuição das formas de exploração de acordo com a aptidão agrícola de cada gleba e a adequação necessária de toda a propriedade.

Para adequação da área antes da implantação do SPD, as necessidades básicas a serem atendidas são: reavaliar ou implantar práticas conservacionistas para evitar o escorrimento superficial de enxurradas; promover a quebra da camada de solo adensada sub-superficial quando existente; corrigir a fertilidade do solo na camada de 0-20 cm de profundidade (no caso, usando o preparo convencional com arados e grades);  promover o manejo de plantas daninhas de difícil controle e o de pragas (ex.: formigas cortadeiras e cupins) e cultivar plantas melhoradoras (adubos verdes) para a formação de cobertura morta ou palha. Se essas recomendações forem adequadamente processadas, as limitações e dificuldades serão substancialmente amenizadas.

Ausência de rotação de culturas - Essa é a limitação mais importante visto que afeta a sanidade das plantas e os rendimentos das culturas e, enfim, o equilíbrio de todo o ambiente. É mais comum o Plantio Direto ser adotado em culturas de maior expressão econômica e, quando, em vez de rotação de culturas, tem-se simples sucessão de culturas (tipo soja-milho safrinha) ou grandes monocultivos, com pouca ou nenhuma variação de espécies.

Em decorrência dessa inadequação constatam-se desequilíbrio na população de artrópodes e micro-organismos patogênicos, elevada incidência de pragas e doenças e, enfim, o uso intensivo de inseticidas e fungicidas. Nessas operações, com frequência os inimigos biológicos naturais dessas pragas também são eliminados. As pragas e doenças desenvolvem mecanismos de resistência aos defensivos agrícolas, favorecendo o crescimento populacional exagerado de insetos e fungos entre outros. Dessa forma, os custos operacionais tornam-se cada vez mais elevados.

Herbicidas - Embora tenha havido grandes avanços, tanto em desenvolvimento de novos produtos químicos, quanto em tecnologia de aplicação, o controle de plantas daninhas tem influenciado, significativamente, a cada safra, os custos de produção.

A atual dependência dos herbicidas pode ser devida, entre outros fatores, à:

• ausência de rotação de culturas;
• ausência de consorciação de culturas;
• ausência de adequado planejamento que permita que operações como colher-semear ocorram simultaneamente;
• aplicação preventiva de herbicidas;
• ausência ou não inserção no sistema de produção de plantas melhoradoras de múltiplas funções (competem por luz, água e nutrientes e produzem substâncias alelopáticas, inibindo a ocorrência de plantas daninhas, além de gerarem produtos comercializáveis alternativos).

A solução para essa limitação é adotar com plena consciência um dos princípios fundamentais do SPD que é manter permanentemente a superfície do solo coberta com plantas em desenvolvimento e seus resíduos (palha). Para isto, além de estabelecer adequados sistemas de rotação e consorciação de culturas, deve-se inserir, no sistema de produção, plantas melhoradoras (adubos verdes). Essas devem ser escolhidas em função das condições climáticas e da disponibilidade de informações de pesquisa sobre as diferentes espécies em cada região. As plantas melhoradoras de solo, além de desfavorecerem o estabelecimento de espécies invasoras, propiciam cobertura eficiente, biomassa volumosa e reciclagem de nutrientes, auxiliando o controle de pragas e de doenças das espécies de maior valor comercial.

Máquinas e equipamentos - Apesar da grande evolução das semeadoras de médio e grande porte, faltam equipamentos mais eficientes e funcionais, especialmente para pequenas áreas o que ainda limita o crescimento da adoção do SPD na agricultura familiar.

Fitonematóides - O SPD contribui significativamente para o diminuir e controlar importantes espécies de fitonematóides. Mas há relatos em que o Plantio Direto tem sido relacionado a ocorrências de problemas com espécies de nematóides tidos até então como de importância secundária. Um exemplo é o do nematóide das lesões radiculares – Pratylenchus brachyurus, que tem causado problemas em soja e em algodoeiro no Brasil Central e que também se multiplica em raízes de gramíneas (braquiárias) usadas, nas entre safras, como culturas de cobertura. Esse nematóide é um endoparasito e, por este motivo, permanece viável no interior das raízes até que as mesmas sejam totalmente degradadas. É provável que a ausência de rotação de culturas, ou seja, o cultivo de culturas comerciais (monocultura) em plantio direto sobre palhada de gramíneas, de forma contínua, seja uma das principais causas dessas ocorrências.

Portanto, o manejo incorreto (ausência de rotação e consorciação de culturas) tem sido o causador da maioria das limitações e problemas associados ao Plantio Direto e não ao SPD. Ressalta-se que, grande parte desses entraves, podem ser solucionados após a devida avaliação técnica especializada.