O relacionamento da Embrapa com o poder executivo ocorre por intermédio dos diversos ministérios, estatais, governos estaduais e prefeituras municipais. Em cada local onde está situada uma Unidade de pesquisa da Empresa, existem relações constituídas com agentes públicos representantes dos governos estaduais ou municipais. No âmbito federal, as relações são com ministérios, fundações, empresas públicas, institutos de educação e universidades federais.

Linhas de atuação e canais de interlocução:

• Formulação, apoio e implementação de políticas públicas, programas e planos de governo
• Consultas públicas
• Acordos de cooperação técnica
• Participação em grupos de trabalho, comitês e conselhos
• Articulações para a captação recursos para execução da programação de pesquisa 

Fóruns em que a Embrapa tem participação permanente:

• Câmaras Setoriais e Temáticas do Ministério da Agricultura e Pecuária (Mapa)

A Embrapa participa, por meio de seus pesquisadores e analistas, de 34 Câmaras Setoriais e Temáticas. Entre titulares e suplentes, são mais de 100 representantes da Empresa no fórum coordenado pelo Mapa, ministério ao qual está vinculada. 

Os representantes têm a responsabilidade de captar sinais e demandas do setor produtivo, apresentá-las à Embrapa, e, em articulação com a Diretoria-Executiva, Unidades Centrais e Descentralizadas, oferecer uma solução para o setor. 

É responsabilidade dos representantes atuarem como consultores técnicos permanentes e apresentarem, sob demanda, subsídios, como estudos e mapeamentos de oportunidades para os setores do agronegócio.