A Embrapa investe na conservação de estirpes nativas de microrganismos, que podem ser utilizadas pela comunidade científica em diversos programas de pesquisa, envolvendo desde o diagnóstico, o tratamento de doenças e a produção de vacinas para aplicação humana e animal até a redução do impacto ambiental de processos produtivos e a geração de energia renovável. Nessa perspectiva, as culturas microbianas estão sendo continuamente estudadas para a formação de uma base de dados de «ativos» componentes e suas respectivas atividades biológicas, de modo a transformar esse acervo microbiano em recursos mais explorados.

Por exemplo, o uso de fixadores de nitrogênio, inseticidas, fungicidas e herbicidas biológicos, biorremediadores e promotores de crescimento de plantas produzidos por microrganismos são ferramentas que podem atender às demandas por maiores rendimentos das culturas agrícolas, ao mesmo tempo, reduzindo a liberação de produtos químicos no ambiente.

A conservação adequada desses microrganismos é o que irá garantir esse material genético para estudos de aplicação no agronegócio e setores produtivos relacionados.

As coleções de microrganismos mantêm espécies com potencial para o controle biológico de pragas, doenças e insetos vetores de doenças; multifuncionais; fitopatogênicos capazes de causar doenças em diferentes culturas de importância econômica e que, por isso, podem ser usados em programas de melhoramento genético de plantas para seleção de variedades resistentes; e de interesse para a agroindústria e produção animal.