Trabalhos de conhecimento da biodiversidade para conservação, manejo e bioprospecção foram, e são, exaustivamente realizados em algumas regiões e biomas do país, tais como o bioma Amazônico, na região norte, e o bioma Atlântico, na região sudeste. Porém, existe uma lacuna em termos de pesquisa em regiões de características fisionômicas peculiares, como as encontradas na região semiárida do Brasil. A região do bioma Caatinga corresponde a uma área de cerca de 734.478 km2 e inclui nove estados, fazendo parte de um ecossistema que se restringe ao Brasil (portanto, grande parte do patrimônio biológico dessa região não é encontrada em nenhum outro lugar do mundo), o que coloca esta região em um importante cenário para bioprospecção. Geralmente tem sido descrita como tendo baixa biodiversidade, com poucas espécies endêmicas (que ocorrem apenas naquela região) e, portanto, de baixa prioridade para conservação (metade de sua vegetação encontra-se antropizada e menos de 2% da Caatinga está protegida em unidades de conservação de proteção integral). Recentemente, o governo brasileiro iniciou ações para conservar melhor sua biodiversidade. Foram reconhecidas oito ecorregiões e identificadas 57 áreas prioritárias para conservação no Bioma Caatinga, 27 delas de Extrema Importância Biológica. Portanto, conhecer a biodiversidade microbiana do semiárido é um passo importante para que seus recursos possam ser aproveitados de maneira sustentável, melhorando a qualidade de vida de seus habitantes. O objetivo geral da pesquisa é avaliar a diversidade de microrganismos de solos, rizosfera, filoplano e endofíticos; e prospectá-los quanto a produção de metabólitos secundários de interesse agrícola e medicinal. Especificamente, prevê caracterizar agronômica e quimicamente as espécies microbianas coletadas; ampliar o acervo genético dos Bancos Ativos de Germoplasma de microrganismos e promover a conservação a longo prazo (Coleção de Base) das espécies selecionadas; fortalecer a Rede de Pesquisa em Caracterização e Gestão da Biodiversidade - REPEBIO, na Embrapa; avaliar o potencial do uso de microrganismos e seus metabólitos no controle biológico de insetos, doenças de plantas e ervas daninhas; como fixadores de nitrogênio e promotores de crescimento; utilizar os bancos ativos de germoplasma existentes na região nordeste, no Cenargen e na Embrapa Meio Ambiente, bem como os bancos de dados existentes, para a preservação e disponibilização das espécies coletadas. A presente proposta prevê a contribuição da Embrapa ao estudo da biodiversidade e bioprospecção da microbiota da caatinga, enfocada, principalmente, nos aspectos pouco contemplados do PPBio do Semiárido, como a coleta e bioprospecção de microrganismos endofíticos e de solo, evitando os desvios que favoreçam a coleta de grupos específicos.