A situação ambiental da Bacia do Rio Guandu é bastante complexa, com poucas formações florestais, principalmente nas áreas de baixada. Espaços rurais convivem com outros de expansão urbana e alguns locais industriais e residenciais apresentam alto grau de poluição.
A bacia sofre influência crescente das atividades urbanas, industriais e agrícolas presentes na região, seja pela inadequação dos sistemas de saneamento e gestão de resíduos sólidos, seja pela presença de resíduos industriais ou pela utilização inadequada de defensivos agrícolas. A extração dos recursos minerais – especialmente da areia, utilizada para a construção civil – gerou um passivo ambiental que contribuiu de forma substancial para os desbarrancamentos e o assoreamento dos rios da região.
A intenção deste projeto foi iniciar, de forma participativa, um processo de recomposição de áreas ciliares, visando à restauração de condições ambientais que favoreçam a qualidade das águas da bacia. Foram priorizadas três situações distintas, que caracterizam os principais processos de degradação de uso dos solos na área de atuação do Comitê Guandu, e também foram contempladas matas ciliares periurbanas na sub-bacia do Rio dos Macacos, nas nascentes situadas na sub-bacia do Rio Piraí e as áreas degradadas nas sub-bacias dos rios Piranema, Queimados e São Pedro.
Sob responsabilidade da Embrapa, foram plantados cerca de 30 hectares de florestas, além de terem sido introduzidos sistemas agroflorestais em dez propriedades do município de Seropédica, RJ. Além disso, foram realizadas atividades de educação ambiental com mais de mil pessoas ao longo do projeto.