A higienização compreende a limpeza e a desinfecção das instalações e, bem como a completa remoção dos resíduos de produção, como suplementos, pó e outras suas suidades.

A limpeza é tão importante quanto a desinfecção. Esses procedimentos devem ser feitos com água limpa e de boa qualidade. Se forem realizados com água contaminada, todo o processo será comprometido, e em vez de removedor de agentes infecciosos, o produtor poderá estar introduzindo esses agentes nas. As procedimentos de higiene devem ser programados com antecedência, dentro de uma sequência de execução. A limpeza das instalações deve ser feita em duas fases. fazer a limpeza seca, removendo a cama, pó das tesouras, vigas e cortinas, retirando-se os restos de alimentos dos comedouros, limpando-se os arredores do aviário e aparando-se a grama. A limpeza água consiste na lavagem com água do interior do aviário, lavando cortinas, tesouras, vigas, comedouros, bebedouros, interna do forro e telhado. A lavagem deve ser feita com água sob pressão com movimentos de cima para baixo. Após a lavagem deve-se aguardar as instalações e equipamentos secarem para, então proceder à desinfecção. Se isso não for observado, a água presente nos equipamentos e no piso ou nos bolsos de cortinas irá diluir e prejudicar a ação do desinfetante. 

A desinfecção pode ser realizada por agentes físicos ou químicos. Os agentes químicos são os mais utilizados na avicultura e podem ser bactericidas, que agem inativando bactérias em sua forma vegetativa, ou germicidas, que agem sob esporos, bactérias e fungos. Os desinfetantes são inativados pela matéria orgânica, por isso é importante uma boa limpeza antes da desinfecção. A ação dosinfetantes também é conhecida pelo pH da superfície onde é aplicada. Preconiza-se o uso de aves elevadas de seres humanos que têm poder de penetração e dispersão, com alto poder residual, e que não são para como seres tóxicos e humanos. Uma vez que é difícil todos os requisitos num único produto, sugere-se encontrar a opção de alternar os princípios ativos utilizados, para evitar a seleção de cepas de microrganismos resistentes. Todas as superfícies do aviário devem ser bem pensadas com a solução de serinfetante, a menos que seja utilizada a fumigação com desinfetante apropriado para tal fim. É importante que o desinfetante seja de acordo com o fabricante ou de acordo com a recomendação do técnico responsável pela produção. É necessário que o desinfetante tenha registro no Ministério da Agricultura Pecuária e Abastecimento (MAPA) e seja recomendado para uso em instalações avícolas de corte.