Todas as alterações que a inflamação da glândula mamária causa nos componentes do leite terminam por afetar os produtos lácteos. Na indústria, mesmo quando se mistura o leite de várias origens em grandes tanques de armazenamento para o processamento, o leite final poderá apresentar uma composição que não é inteiramente satisfatória para a manufatura de determinados produtos.

Leite com altas contagens de células somáticas (de vacas com mastite) apresenta redução nos teores de lactose, gordura, sólidos não-gordurosos e caseína, enquanto a concentração das proteínas séricas, de cloretos, sódio, ácidos graxos livres e o número das células somáticas se encontram aumentados. Isso interfere diretamente com o rendimento industrial e causa problemas de sabor, odor e vida de prateleira dos produtos lácteos.

A alta contagem bacteriana causa odor e sabor indesejáveis no leite e nos produtos lácteos, redução da vida de prateleira, gelificação de leite processado pelo sistema UHT (Ultra High Temperature) devido à ação de enzimas de bactérias psicrotróficas que são resistentes ao calor.

Resíduos de drogas veterinárias, detergentes ou desinfetantes inibem culturas lácteas sensíveis, utilizadas na fabricação de queijos, iogurtes e de outros produtos. Isso leva a problemas na acidificação e na textura dos queijos, acidificação e formação de odores desfavoráveis na manteiga e no creme, inibição dos cultivos do iogurte e outros produtos fermentados. Além disso, a prova de redutase, utilizada para controle de qualidade do leite, pode indicar uma qualidade aparentemente boa, o que não é verdade.