Os perigos químicos incluem toxinas naturais, resíduos de medicamentos, detergentes, desinfetantes e outros produtos usados na sanitização, pesticidas, aditivos alimentares, metais pesados e outras substâncias químicas não autorizadas ou que acidentalmente podem entrar em contato com o alimento, tais como lubrificantes e tintas. Um exemplo de toxinas naturais que podem contaminar o leite são as micotoxinas. Estas podem ser detectadas na ração quando o armazenamento não é adequado, e ocorre o desenvolvimento de fungos (mofos).

Os metais pesados incluem cobre, cádmio e mercúrio. Resíduos de medicamentos incluem: antimicrobianos, como beta-lactâmicos, gentamicina, tetraciclinas, sulfonamidas e outros; carrapaticidas e vermífugos. Os resíduos de substâncias sanitizantes incluem compostos clorados e iodóforos.