A primeira etapa do Sistema APPCC (Análise de Perigos e Pontos Críticos de Controle) é a análise de perigos. Essa análise e a identificação da respectiva medida preventiva (de controle) são as bases do APPCC ou seu primeiro princípio. Para os fins do APPCC, os perigos referem-se às condições e/ou contaminantes que podem causar injúria ou dano ao consumidor, por meio de uma lesão ou enfermidade, de forma imediata ou tardia, tanto por uma única ingestão como por ingestão reiterada. Todas as atividades que permitam caracterizar um processo, ou fase de obtenção de um produto alimentício, seja de matéria-prima ou de produto pronto para o consumo, devem obedecer às Boas Práticas. Não é possível estabelecer um Sistema APPCC quando os pré-requisitos não estão sendo cumpridos.

A produção de alimentos seguros para a saúde do consumidor pressupõe o controle (redução a um nível aceitável) ou a eliminação de todos os perigos que, potencialmente, possam estar presentes no alimento. A aplicação de programas de boas práticas agropecuárias (BPA) deve ser considerada para controlar muitos dos perigos associados ao ambiente de produção, tais como o destino do lixo e dos dejetos, a limpeza e higiene do piso, paredes e equipamentos e a qualidade da água. O sistema APPCC tem o objetivo de eliminar ou prevenir os perigos remanescentes e associados diretamente ao alimento ou que possam resultar do seu processamento ou manuseio.