É um dos sistemas de manejo líquido mais adotados em muitas regiões dos Estados Unidos, principalmente na Flórida. O esterco lavado é conduzido diretamente para uma lagoa anaeróbia que após saturada é transbordada para uma segunda lagoa projetada para reter somente o esterco líquido. Desta lagoa de armazenagem, o efluente pode ser distribuído nas culturas por algum sistema de irrigação mais adequado às condições da propriedade. Atualmente tem-se dado muita ênfase para os sistemas de irrigação por pivô-central, por apresentar melhor distribuição dos nutrientes e melhor eficiência global. Após o enchimento das lagoas anaeróbias, que varia de dois a cinco anos, ou mais, conforme a taxa de enchimento e o volume projetado, a lagoa é submetida a uma limpeza para retirada do lodo biológico (biossólido). Este lodo é rico em microrganismos biológicos e em nutrientes como fósforo (P) e nitrogênio (N) e devem ser aproveitados para adubação orgânica e/ou preparação de composto orgânico de alto valor agrícola. As maiores desvantagens das lagoas são: a) exige elevados requisitos de área para sua construção; b) a simplicidade operacional pode trazer o descaso na manutenção (crescimento de vegetação); c) desempenho variável com as condições climáticas (temperatura e insolação); d) necessidade de afastamento razoável das instalações e residências; e) possibilidade de crescimento de insetos (moscas); f) necessidade de remoção contínua e periódica de lodo (dois a cinco anos); e g) possibilidade de maus odores na lagoa anaeróbia.