Os métodos de acasalamento utilizados no melhoramento genético são: cruzamento e endogamia. Teoricamente, nas populações, os métodos de acasalamento alteram somente as frequências genotípicas. Entretanto, na prática, dentro dos rebanhos, normalmente estes métodos estão associados à seleção e culminam por alterar também as frequências gênicas. Desta forma, se bem planejados, estes procedimentos podem promover o melhoramento genético dos rebanhos.

Não se devem confundir estes métodos com as biotécnicas reprodutivas. É comum haver confusão por parte de técnicos e produtores a respeito do papel da reprodução animal para o melhoramento genético. Acredita-se que o fato de se utilizar algumas biotécnicas, como a inseminação artificial e a transferência de embriões, seja suficiente para promover o melhoramento genético dos rebanhos. Porém, a simples utilização destas técnicas não oferece garantias de ganhos genéticos. Na verdade, o uso de animais não comprovadamente superiores poderá, inclusive, reduzir o potencial genético dos rebanhos, em função do poder de multiplicação do material genético por meio das biotécnicas reprodutivas. Sendo assim, esta multiplicação pode contribuir tanto no sentido favorável quanto no desfavorável. Por outro lado, associado a um programa de avaliação genética eficiente, o uso das ferramentas de reprodução animal contribui bastante para o melhoramento genético das populações animais. A inseminação artificial (IA) tanto contribui para a melhoria no processo de avaliação genética dos animais, como também para a disseminação de material genético comprovadamente superior, permitindo aumentar a taxa de ganho genético. A IA também auxilia nos testes de progênie, aumentando a conectabilidade dos rebanhos e a eficiência das análises.

Ressalta-se que o uso exagerado de poucos animais na multiplicação por meio das técnicas reprodutivas pode comprometer a base genética dos rebanhos e reduzir a variabilidade genética, que possui extrema importância para o melhoramento animal. Por exemplo, o modismo por parte dos criadores utilizando sêmen de determinados reprodutores, por longos períodos, aumenta a probabilidade de ocorrência da redução nesta variabilidade. A transferência de embriões aumenta este risco ainda mais, em virtude da multiplicação em bloco de uma mesma combinação, tanto paterna quanto materna.