O grande porte da castanheira (30m a 50m de altura) impossibilita a colheita dos frutos. Por esta razão, a coleta dos ouriços merece especial atenção, uma vez que se constitui em importante fonte de contaminação das castanhas, que ficam em contato com o solo por um período que pode variar de poucos dias a até quatro meses.Durante esta etapa, ocorrem processos de decomposição da matéria orgânica aderida externamente à casca, com a consequente proliferação de microrganismos.  O extrativista deve coletar os ouriços o mais rápido possível após a sua queda, evitando desta maneira, contato prolongado deste com o solo e a exposição a fatores bióticos (microorganismos, animais silvestres e insetos) e abióticos (elevada umidade e temperatura) que levem à perda gradativa de qualidade.Na fase exploratória o extrativista inicia a manipulação de ouriços e castanhas na floresta.

As seguintes atividades são realizadas com objetivo de preservar a qualidade das amêndoas: coleta e amontoa dos ouriços, seleção dos ouriços, quebra dos ouriços, seleção das castanhas, transporte para a unidade de produção, secagem, armazenamento na unidade de produção e transporte para a unidade de processamento. Nesta fase de pós-colheita, os ouriços chegam a ser amontoados formando uma pilha onde ficam em contato com o solo, expostos à elevada umidade e temperatura, pois a queda dos ouriços acontece no período chuvoso.

A entrada de água de chuva no fruto por meio do opérculo, a presença de animais roedores e o ataque de insetos constituem fatores que favorecem a contaminação das castanhas, além de oferecer condições ao desenvolvimento de microrganismos saprófitas, dentre os quais se destacam alguns fungos com potencial toxigênico.Após esta fase, as castanhas são transportadas para uma indústria de beneficiamento, onde passam pelas etapas de recepção e seleção, armazenamento, lavagem, tratamento térmico, quebra, seleção, classificação, desidratação, polimento e pesagem e acondicionamento e armazenamento do produto final na indústria. As etapas de beneficiamento variam com o tipo de indústria, onde o processamento pode ser realizado de forma manual ou mecanizado.

Dentre os principais problemas identificados na produção da castanha-do-brasil estão a elevada contaminação por bactérias do grupo coliforme, devido à sua prolongada exposição a fatores ambientais e às condições de manipulação na indústria, além da contaminação por fungos produtores de aflatoxinas. Estes problemas têm se constituído em forte entrave para a comercialização do produto, principalmente no mercado externo, dado o rigoroso controle de países europeus e Estados Unidos em relação aos níveis de toxinas presentes nos alimentos.No período pós-colheita e durante o processamento, a castanha-do-brasil pode estar sujeita a contaminações de natureza biológica (bactérias, fungos, vírus e protozoários), químicas (micotoxinas) e físicas (pedaços de casca, resíduos de sacos plásticos utilizados no transporte). A exposição a estes perigos ocorre devido à prolongada permanência das castanhas a fatores ambientais na floresta e às condições de manipulação na indústria.

Algumas medidas são recomendadas para prevenir o aparecimento destes riscos, que incluem procedimentos de boas práticas agrícolas e de boas práticas de fabricação.Além da coleta, outras etapas no processo exploratório da castanha-do-brasil influenciam a qualidade final do produto. Durante a coleta e amontoa, deve-se realizar uma seleção dos ouriços, descartando aqueles que apresentem elevada contaminação microbiológica ou qualquer outro tipo de defeito que comprometa sua qualidade visual, nutricional ou mercadológica.

A quebra dos ouriços deve ser feita utilizando-se utensílios limpos e exclusivos para este fim, protegido contra o acesso de animais silvestres e sobre base limpa, evitando excesso de umidade e o contato das castanhas com solo e matéria orgânica. As castanhas também devem ser selecionadas, eliminando-se as que estiverem deterioradas/contaminadas, vazias e ainda as danificadas pela quebra do ouriço, que favorecerão a proliferação de fungos e bactérias. Após a seleção, as castanhas são transportadas para galpões, onde é realizada a secagem. Nesta etapa, o controle de umidade é importante de forma a inibir o desenvolvimento de microrganismos na massa de castanha. Após a secagem, as amêndoas são transportadas para a unidade de produção onde serão beneficiadas.