Boas práticas de manejo, como a rotação de cultura, o uso de cultivares adaptadas e de sementes com boa procedência podem  minimizar muito o risco de prejuízos causados pela doença.

A segurança dos alimentos tem sido uma preocupação cotidiana em todo o mundo. Entende-se como alimento seguro aquele que é obtido, conservado, transportado, transformado e exposto à venda ou consumo em condições que garantam o controle de perigos que potencialmente possam causar doenças ao ser humano. Em outras palavras, são alimentos que não apresentam riscos de causar injúria à saúde do consumidor.

A segurança dos alimentos é consequência do controle de todas as etapas dos elos da cadeia produtiva, desde a produção primária (campo), até a mesa do consumidor. A produção agrícola conduzida sob as condições necessárias de higiene reduz a possibilidade da presença, introdução e aumento de perigos que possam afetar, de forma adversa, a segurança e a propriedade para o consumo dos produtos agrícolas, incluindo os estágios posteriores da cadeia do alimento.
Os programas de controle integrado, do campo à mesa, estão sendo propostos em nível internacional e já foram adotados pela Comunidade Européia e por vários países. Esses programas têm sido propostos e incentivados na produção agropecuária, pois, nos últimos anos, tem-se observado um aumento de surtos de doenças alimentares relacionados ao consumo de frutas e hortaliças frescas. Dentre os problemas mais freqüentes destacam-se a presença de micotoxinas, como a aflatoxina no amendoim e a ocratoxina A no café, sendo que este último é um produto brasileiro de alcance internacional; a presença de enterobactérias em pimenta do reino, manga e brotos vegetais, causadoras de infecções intestinais e outras doenças; a presença de parasitos, como o Cyclospora cayetanensis, em hortaliças cruas; e a presença de protozoários como a Giardia lamblia em hortaliças e frutas cruas, bem como de enterovírus-Rotavírus e hepatite infecciosa.

Além dos agentes biológicos, os produtos agrícolas podem apresentar níveis de contaminantes químicos considerados de risco à saúde: micotoxinas, já citadas, resíduos de agrotóxicos e contaminantes inorgânicos como mercúrio, cádmio e chumbo. O controle destes agentes biológicos e químicos é imprescindível para que os produtos agropecuários não ofereçam risco à saúde do consumidor. As Boas Práticas Agropecuárias (BPA), entre outras finalidades, contribuem para o controle de perigos químicos, físicos e microbiológicos à saúde do consumidor. Para o estabelecimento das BPA não é necessário que se caracterize e identifique quais perigos (agentes de doenças) estão presentes em cada etapa da produção. Tais regras visam, especialmente, o controle de fontes de contaminação. Por essa razão, as BPA são consideradas pré-requisitos para a implantação do Sistema APPCC (Análise de Perigos, Pontos Críticos de Controle), que tem por base a identificação do perigo significativo para o produto e etapa em questão.

O princípio básico que deve servir de base para as BPAs e para o Sistema APPCC é o de reduzir, até níveis satisfatórios e aceitáveis, a presença de perigos de natureza biológica, química e física que possam representar um risco à saúde do consumidor e comprometer a eficiência e eficácia dos demais elos da cadeia produtiva do alimento. O cloro é utilizado como um dos principais agentes sanificantes para a redução da carga microbiana contaminante. Sua utilização tem como principal vantagem o baixo custo, ação rápida e de amplo espectro contra vários microrganismos. Como desvantagens é instável durante o armazenamento e pode ser corrosivo ou volátil dependendo do pH do meio e da temperatura da água.

Segundo o FDA (1998), existem 8 princípios conhecidos que se preocupam quanto à segurança microbiológica de frutas e hortaliças em nível de produção primária. São eles:

Princípio 1 – A prevenção da contaminação de natureza microbiológica de produtos agrícolas frescos é fortalecida pelo estabelecimento de ações corretivas, quando da possibilidade ou da ocorrência real dessa contaminação;

Princípio 2 – Para reduzir os perigos de natureza microbiológica nos produtos frescos, os produtores agrícolas ou os responsáveis pelo embalamento do produto devem cumprir as Boas Práticas Agrícolas;

Princípio 3 – Qualquer objeto que entre em contato com os produtos frescos (frutas e hortaliças que serão consumidas cruas) podem contaminá-lo. Para a maioria dos patógenos relacionados com esses produtos, a principal fonte de contaminação são fezes humanas e de animais que entram em contato direta ou indiretamente com o produto;

Princípio 4 – Sempre que a água entrar em contato com o produto, sua origem e qualidade determina o potencial contaminante da mesma. As Boas Práticas Agrícolas, assim como as Boas Práticas de Fabricação, devem sempre considerar a necessidade de reduzir o risco de contaminação pela água usada para fins agrícolas ou em processos;

Princípio 5 – Práticas que usam esterco, biosólidos municipais e outros fertilizantes naturais, devem ser gerenciadas com cuidado para reduzir o potencial de contaminação que representam para os produtos agrícolas;

Princípio 6 – As práticas e o comportamento higiênico e sanitário do trabalhador rural em todo o ciclo produtivo tem papel crítico na redução dos contaminantes potenciais;

Princípio 7 – É importante conhecer, entender e cumprir com todos os regulamentos legais estabelecidos em nível local, estadual e federal, relativos às práticas agrícolas;

Princípio 8 – É necessário estabelecer sistemas de gerenciamento em todos os níveis do ambiente agrícola (fazenda, instalações para embalagem, operações de transporte, dentre outros). Para o seu sucesso, um programa de segurança deve incluir a importância de contar com pessoal qualificado, da monitorização efetiva, dos registros de importância e da revisão e manutenção do programa de gerenciamento, para garantir que todos os componentes e elementos do programa de segurança estejam funcionando corretamente e para permitir a rastreabilidade de todos os níveis de distribuição até o produtor.