Em geral é causada pelos fungos Sclerotium rolfsii ou pelo complexo de espécies das bactérias dos gêneros Pectobacterium e Dickeya, antes conhecidos como Erwinia. Eventualmente, quando as raízes tuberosas são plantadas visando à produção de mudas, além das podridões acima mencionadas, pode ocorrer podridão das raízes por espécies de Pythium. As plantas atacadas apresentam crescimento reduzido e folhas superiores amareladas, que murcham no horário mais quente do dia. Sclerotium rolfsii produz podridão mole (podridão de esclerócio) acompanhada da formação profuso crescimento micelial branco e escleródios redondos, a princípio brancos, mas que escurecem com o tempo, assemelhando-se às sementes de mostarda (Figura 1).

O complexo bacteriano Pectobacterium e Dickeya produz podridão mole normalmente a partir de ferimentos nas raízes (Figura 2). Esta podridão se expande sob condições de altas temperaturas e umidade. As podridões ocorrem com maior intensidade no campo quando a umidade do solo é excessiva. Portanto, é essencial que se cultive a cenoura em solos de boa drenagem e que o plantio em época chuvosa seja feito em canteiros altos. A irrigação deve ser realizada de forma adequada, evitando-se o excesso de água. A colheita deve ser cuidadosa para evitar ao máximo a ocorrência de ferimentos. O controle químico normalmente não é econômico para nenhum dos três patógenos.

Após a colheita, ocorrem podridões secas e podridões moles, sendo essas últimas as mais importantes. Neste caso, o principal agente das podridões moles é complexo bacteriano Pectobacterium spp. e Dikeya spp., que causa grandes perdas quando as raízes são colhidas em solos molhados e/ou após lavadas e quando as raízes não são suficientemente secas antes de serem embaladas (encaixotadas), em especial em cultivos de verão. Os efeitos da podridão mole em pós-colheita são amenizados quando as raízes são armazenadas em geladeira.