As populações de centeio cultivadas no Brasil apresentam marcada resistência às doenças da parte aérea, como oídio, ferrugem da folha e septoriose. Em outros países, é comum a ocorrência de doenças fúngicas, como oídio, carvão, ferrugem da folha, ferrugem amarela, escaldadura da folha, mancha em rede, septoriose e antracnose. Além disso, também ocorrem doenças causadas por vírus, nematoides e bactérias.

As espécies de insetos fitófagos encontradas em lavouras de centeio são praticamente as mesmas observadas em outros cereais de inverno, como trigo, cevada e aveia. Embora numerosas, apenas algumas espécies ocorrem em quantidade e frequência que as caracterizem como pragas do ponto de vista econômico, quando se justifica a adoção de medidas de controle. No controle químico, devem ser usados produtos registrados no Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento, dando-se preferência aos de menor risco toxicológico e ambiental e para os inimigos naturais das pragas.