A disponibilidade de mudas pode ser determinante ao se eleger um material em detrimento de outro, uma vez que efeitos sazonais, prioridades das entidades produtoras e demandas de mercado podem interferir drasticamente na oferta de sementes ou de estacas.

Em qualquer dos casos, é necessário uma definição cuidadosa em relação ao material genético, seja híbrido ou clone. Esse alerta é mais importante para os produtores rurais que atuam de forma independente de empresas de celulose, chapas e carvão vegetal, por haver riscos na fase de comercialização da madeira e demora para o retorno do capital investido durante o ciclo de produção de matéria-prima. 

Como exemplo, podemos citar a madeira da espécie Corymbia citriodora (anteriormente denominado Eucalyptus citriodora, também conhecido como “eucalipto cheiroso”) que não é bem aceita no mercado de serrados pela excessiva dureza e propensão à formação de bolsas de kino, características que dificultam o processamento das toras em serrarias e depreciam a qualidade das tábuas. Por outro lado, trata-se de uma excelente opção para produção de postes, esteios e peças roliças de forma geral.

Por sua vez, a madeira de Eucalyptus grandis, proveniente de corte de árvores jovens, apresenta baixa densidade para a produção de carvão vegetal. Porém, se a rotação for prolongada até uma idade de quinze anos, por exemplo, obtém-se madeira de excelente qualidade para serraria, inclusive em termos de cor e aparência.

A interação entre condições climáticas e agentes biológicos também deve ser levada em conta na escolha da espécie. A ferrugem do eucalipto é causada por um fungo bastante comum em mirtáceas como goiabeiras no litoral, sendo considerada a mais severa das doenças do eucalipto, por reduzir o crescimento das plantas novas e causar a morte de brotações. Neste caso, Eucalyptus grandis e E. cloeziana são as espécies mais sensíveis, enquanto E. pellita, E. urophylla e C. citriodora, são resistentes. Sob condições de alta e excessiva umidade, E. urophylla apresenta crescimento anual excelente nos primeiros dois anos em relação a E. pellita, decrescendo posteriormente pela suscetibilidade a fungos e bactérias.

Dessa forma, conhecer a reação dos materiais a determinadas doenças ou mesmo pragas torna-se relevante para se fazer uma boa escolha e diminuir prejuízos. Complementarmente a essa questão, sabe-se que E. camaldulensis, por exemplo, tem-se mostrado altamente vulnerável ao ataque de insetos como psilídeo-de-concha e percevejo bronzeado, inviabilizando o seu plantio em zonas muito infestadas ou de alto risco.

As espécies puras de eucalipto economicamente importantes para as condições do Brasil constituem um número restrito, apresentando variações quanto às procedências geográficas do país de origem e locais de produção das sementes.