O armazenamento bem feito é essencial para que se evite o ataque de fungos e de insetos, e com isso evitar a queda na qualidade do milho. Para o seu devido controle, faz-se necessário o controle tanto da umidade, que é o principal parâmetro, quanto o controle da temperatura.

Com relação aos fungos, destaca-se o Aspergillus flavus. Este é produtor de micotoxinas, chamadas aflatoxinas, que podem causar câncer no fígado, mesmo se consumido a baixas dosagens. Segundo a Agência Nacional de Vigilância Sanitária (ANVISA),  o limite máximo para o milho, é de 20,0 µg/kg (Resolução RDC nº 274, de 15 de outubro de 2002).

Teores de umidade inferiores a 13% e temperatura inferior a 15oC torna muito lento o crescimento de fungos, podendo o produto ficar armazenado por 1 ano ou mais. Esta temperatura reduzida é muito eficiente também no controle de insetos, uma vez que a faixa de crescimento ótimo das principais praga varia de 25 a 35 oC.

Com relação a insetos, destacam-se como principais pragas: gorgulho ou caruncho do milho, traça dos cereais e besouros.

Outras pragas importantes são os ratos, sejam os camundongos ou os ratos de telhado.

Para os ratos, a melhor medida é introduzir barreiras físicas que possam impedir o acesso aos paióis de armazenamento. Para a grande indústria, existem soluções satisfatórias e eficientes.

A despalha prévia do milho também ajuda no controle de pragas.

Também são essenciais as práticas ligadas às Boas Práticas de Fabricação, tais como: varrição, remoção de resíduos, objetos que podem servir como abrigo de pragas, etc. 

Para a pequena produção, soluções mais econômicas podem ser adotadas, como as desenvolvidas pela Embrapa Milho e Sorgo, que desenvolveu um paiol Balaio de Milho com chapas de zinco para  impedir entradas de roedores.