Dentre as  contaminações que podem ocorrer no milho, destacam-se as micotoxinas, que são várias com destaque para as aflatoxinas,  zearalenona, a fumonisina que são as mais presentes nas rações para animais e são responsáveis por perdas em planteis de aves, suínos e outros animais que consomem ração em cuja composição está presente o milho. A presença destas micotoxinas deve-se a fungos do gênero Aspergillus, Fusarium e têm sua incidência aumentada em épocas quentes e alta umidade que são as melhores condições para o seu desenvolvimento. Como medida preventiva, há a necessidade do correto armazenamento para que tais condições sejam controladas.
De fato, é preocupante para a alimentação animal e o mesmo ocorre para a alimentação humana. Problemas de armazenamento também podem resultar na presença de micotoxinas em milho destinado a alimentação humana. A legislação brasileira estabelece limites para aflatoxinas. Para milho, milho em grão (inteiro, partido, amassado, moído) e farinhas ou sêmolas de milho o limite é de 20,0 µg/kg para os tipos B1 + B2 + G1 + G2. O maior  risco para o homem é o desenvolvimento de câncer hepático possível mesmo a baixos teores.

Em termos de processamento, as formas mais comuns nas quais o milho é oferecido é debulhado e acondicionados em embalagens plásticas ou em conserva. Sendo o processo de secagem do grão bem realizado e não havendo recontaminação durante o armazenamento, o primeiro produto pode ficar em temperatura ambiente sem a necessidade de algum outro controle como embalagem mais complexa. Isso ocorre devido a reduzida atividade de água (água livre disponível) fazendo com que sejam bem reduzidas as possibilidades de contaminação.

O mesmo ocorre para o produto em conserva. A apertização (nome do processo de enlatamento), é um processo seguro e dá grande estabilidade ao produto final podendo este ficar em temperatura ambiente com grande período de vida de prateleira. Durante o processamento é formado vácuo e é aplicado tratamento térmico de esterilização, processos necessários para evitar a presença de Clostridium botulinum que provoca o botulismo.Ver mais informações nos endereços:

http://www.anvisa.gov.br/legis/resol/2002/274_02rdc.htm

http://www.engormix.com/p_news_view.asp?news=12588&AREA=MYC

www.cnpsa.embrapa.br/down.php?tipo=publicacoes&cod_publicacao=25