O pessegueiro tem raízes, inicialmente, pivotantes; posteriormente elas se ramificam lateralmente, tornando-se numerosas, extensas e pouco profundas. São de coloração alaranjada e possuem lenticelas bem evidentes.

A zona de exploração do sistema radicular vai muito além da área de projeção da copa. Atinge, pelo menos, o dobro dessa superfície e é tanto maior quanto menor for a disponibilidade de água no solo. O aprofundamento do sistema radicular depende, sobretudo, da aeração do solo.

Em solos bem drenados, profundos e arejados, as raízes distribuem-se numa profundidade de 20 a 80 cm. São, particularmente, sensíveis à presença de raízes de outras espécies ou mesmo de raízes de pessegueiros vizinhos. Geralmente, o sistema radicular de uma planta invade o terreno daquela ao lado.

Os ramos são classificados em mistos, brindilas, dardos ou ladrões. Os ramos mistos, de comprimento variável, entre 20 e 100 cm, são portadores de gemas de flor e lenho, terminando, geralmente, em gema de lenho. Em muitas cultivares e nas plantas jovens contribuem, de forma sensível, à produção. Em árvores novas ou muito vigorosas, são propensos à ramificação, formando galhos antecipados, semelhantes às brindilas. Estas, com 15 a 30 cm de comprimento, portam, preponderantemente, gemas de flor, terminando tanto com gema de lenho como de flor. Os dardos são raminhos curtos, com gema apical de lenho e numerosas gemas de flor (de quatro a oito).
Os ladrões são ramos muito vigorosos, que crescem em posição vertical e emitem numerosos ramos antecipados, mas possuem, principalmente, gemas de lenho. As folhas são oblongas, lanceoladas, com pecíolos curtos e distribuídas alternadamente. Medem, geralmente, de 40 a 50 mm de largura e de 140 a 180 mm de comprimento.

As margens da lâmina foliar podem ser serrilhadas, crenadas ou dentadas. As folhas são, normalmente, de coloração verde durante o período de crescimento, havendo cultivares com folhas purpúreas ou variegadas. A coloração amarela que a folha adquire no outono é relacionada à cor da polpa do fruto.

Nas cultivares de polpa amarela, as folhas possuem uma coloração de amarelo-intensa a alaranjada, enquanto, nas de polpa branca, exibem coloração amarelo clara. Na base da lâmina foliar ou no pecíolo, estão presentes uma ou mais glândulas, reniformes ou esféricas.

As gemas floríferas são de maior tamanho que as vegetativas Têm forma globosa e são abundantemente recobertas de pilosidades. Contém em geral, uma só flor, mas em casos raros, podem apresentar até duas flores. São comumente formadas em ramos de um ano, mas podem se formar também em esporões. As gemas de flor podem estar separadas das de lenho ou juntas, no mesmo nó.

É muito frequente a presença de uma gema vegetativa central, ladeada por duas gemas de flor. Também é comum encontrar uma gema de flor associada a uma gema de lenho. Pode ocorrer, também, o aparecimento de três gemas de flor no mesmo nó, mas menos frequente é o aparecimento de quatro ou, raramente, mais de quatro por nó. Usualmente, as partes basal e terminal dos ramos são menos floríferas.

As flores do pessegueiro são perfeitas, completas, perígenas e, geralmente com um único pistilo, embora alguns clones ornamentais tenham pétalas e pistilos múltiplos A corola pode ser do tipo rosácea ou campanulada, segundo a forma e dimensão das pétalas.

O pêssego é uma típica drupa com uma fina epiderme, um mesocarpo carnudo (a polpa) que pode ser aderente, livre ou semilivre do endocarpo duro (caroço). O crescimento dos frutos segue uma curva sigmoidal, com crescimento rápido na primeira fase, depois uma fase de crescimento muito lento, e, finalmente, uma segunda fase de crescimento rápido, por ocasião do inchamento do fruto.É na fase de crescimento lento que se dá o endurecimento do endocarpo (caroço). O que difere as cultivares precoces das de maturação tardia é que, nas primeiras, o período de crescimento lento é mínimo.