Poucos são os estados que produzem mudas certificadas. Como exemplo, cita-se o Estado de São Paulo, que produz mudas certificadas de citros. Este sistema apresenta três classes de plantas:

a)Planta básica - Planta cujas características genéticas e de sanidade sejam mantidas sob a responsabilidade da entidade que a criou, selecionou ou introduziu.

b)Planta matriz registrada - Aquela proveniente de planta básica, que apresenta as características desta e atende aos requisitos estabelecidos pela entidade certificadora.

c)Muda certificada - Muda originária de matriz registrada e formada sob o controle da entidade certificadora.

Sistema de fiscalização

O sistema de fiscalização é o  mais usual no Brasil, sendo a muda fiscalizada aquela produzida por viveiristas credenciados pela entidade fiscalizadora, de acordo com as normas em vigor.

As mudas produzidas devem atender aos padrões mínimos para cada espécie. Para o pessegueiro, esses padrões mínimos foram estabelecidos pela Portaria nº 173, de 27 de maio de 1984, a seguir transcrita.

Art. 1º - Ficam obrigatoriamente estabelecidos, em todo o território nacional, os seguintes padrões mínimos de qualidade para a produção, transporte e comercialização de mudas de pessegueiro - Prunus persica, (L) Batsch:

a)terem o enxerto feito de 10 a 20cm de altura, medidos a partir do colo da planta;

b) apresentarem a 5cm acima do ponto de enxertia, um diâmetro mínimo de 1,0cm;

c) não apresentarem diferença de mais de 0,6cm entre os diâmetros do enxerto e do porta-enxerto, medidos a 5cm do ponto de enxertia;

d)apresentarem haste principal com uma altura mínima de 40cm, medidas a partir do colo da planta;

e)apresentarem na formação da muda uma haste  única, tipo “vareta”, ou com pernadas de comprimento máximo de 25cm, sem apresentarem partes lascadas;

f)terem no máximo 27 meses de idade, contados a partir da data de semeadura do porta-enxerto;

g)as mudas deverão estar isentas de pragas e moléstias (Regulamento de Defesa Sanitária Vegetal);

h)apresentarem sistema radicular bem desenvolvido, raiz principal com mínimo de 20cm e raízes secundárias abundantes, não enoveladas ou retorcidas, devendo estar aparadas;

i) a muda de raiz nua, deverá ter as raízes protegidas com camada de barro mole ou outro material não fermentescível e úmido;

j) o fardo deverá conter o máximo de 50 plantas envolvido com camada vegetal, com plástico perfurado, com saco de aniagem, ou equivalente, fortemente atado;

k) a muda de torrão deverá ser acondicionada em laminado ou equivalente, com 15cm de diâmetro e 25cm de altura.

Art. 2º - Estes padrões, também são válidos para nectarineira (Prunus persica, var. nucipersica).

Art. 3º - As mudas de pessegueiro e nectarineira que estejam fora dos padrões mínimos de qualidade estabelecidos na presente portaria, são proibidas para o comércio e transporte, estando sujeitas à apreensão, de acordo com a legislação em vigor.

Art. 4º - Os órgãos e entidades da Administração Federal, Estados, Distrito Federal e Territórios, convenientes com o Ministério da Agricultura, para exercício da inspeção e fiscalização da produção e do comércio de sementes e mudas, poderão elevar, para adaptação às condições e peculiaridades de suas jurisdições, os padrões mínimos de qualidade estabelecidos na presente portaria.

Art. 5º - Esta portaria entrará em vigor na data de sua publicação, ficando revogada a Portaria nº 390, de 15 de dezembro de 1980“.