A maioria das sementes de pupunha comercializadas para plantios no Brasil provém de plantios de pupunheiras da raça Pampa Hermosa, localizados em Yurimáguas, Peru, pois são plantas inermes (sem espinhos), o que facilita seu cultivo.

Apesar das normas vigentes, não há controle de qualidade destas sementes. A distância das regiões produtoras, o tipo de embalagem e o tempo gasto no transporte são fatores que alteram o vigor dessas sementes, que apresentam baixa germinação, o que acaba por encarecer o custo de produção das mudas.

Objetiva-se, em uma APS, maximizar a produção de sementes por meio do aumento do número de cachos por planta e de frutos férteis (com sementes) por cacho. Esse ganho pode ser obtido por seleção de plantas para essa característica.

O espaçamento mínimo recomendado para uma área de produção de sementes é de 5 x 5 metros, o que disponibilizará luz suficiente para as fases de florescimento e frutificação.

A partenocarpia (produção de frutos sem sementes) constitui um fator limitante na produção de sementes e suas principais causas podem estar relacionadas a problemas nutricionais, condições climáticas na época da floração (que podem interferir na umidade do pólen e no comportamento do polinizador), influência de ordem genética e até mesmo baixa densidade populacional do polinizador, requerendo estudos para resolução do problema.