O corte da pupunheira para palmito pode ser feito durante o ano todo, porém deve-se evitá-lo na época seca, visto que 90% do palmito é água e, consequentemente, se cortado no período seco, terá menos peso. A idade ou época ideal de corte das plantas é determinada em função do tipo de mercado pretendido e, necessariamente, combinada com a época de plantio, a densidade de plantas, o programa de adubação e o modelo de corte a ser adotado. Nos plantios feitos durante a primavera, entre a primeira quinzena de novembro até a primeira quinzena de dezembro, o primeiro corte pode ocorrer no início do verão do ano subsequente, a partir dos 15 meses de idade pós-plantio. O segundo e terceiro cortes podem ser realizados com intervalo de dois meses, a partir do primeiro, até o mês de junho. Esse modelo de cortes escalonados permite que a somatória de plantas cortadas nos primeiros 18 meses atinja valores em torno de 50% das plantas inicialmente cultivadas. Manejando a lavoura dessa forma, o produtor promove abertura significativa do dossel, permitindo a entrada satisfatória de luz e, consequentemente, maior revitalização no crescimento dos perfilhos. Cortes tardios não só prejudicam o crescimento dos perfilhos (tempo de recuperação) como também alteram o desenvolvimento dos mesmos por falta de luminosidade. As plantas podem ser cortadas com altura a partir de 1,65 m, medida da superfície do solo até a inserção da primeira folha aberta, ou com diâmetro ao nível do solo de aproximadamente 12 cm.

As palmeiras cortadas são preparadas em peças (cabeças) para, em seguida, serem encaminhadas à agroindústria.