As sementes recalcitrantes normalmente são de vida curta, muito sensíveis a redução do grau de umidade e a ambientes com baixa temperatura, tornando difícil sua conservação. Ou seja, não suportam passar por processo de secagem ou congelamento para serem guardadas. A ausência de informações científicas sólidas sobre o ponto de maturação fisiológica e sua influência direta sobre o potencial de armazenamento das sementes dessa espécie são as principais limitações à conservação e armazenamento das sementes de pupunheira. Não existe tecnologia disponível no momento para conservar as sementes dessa espécie.

As sementes de pupunheira apresentam germinação inicial entre 59% e 84% quando não desidratadas e grau de umidade entre 47 e 38%. As reduções significativas na germinação e vigor iniciam a partir de teores de umidade entre 28 e 23%.

Em decorrência das dificuldades em manter-se a viabilidade das sementes dessa espécie em armazenamento, deve-se semeá-las imediatamente após a extraí-las dos frutos. Contudo, pesquisas indicam que manter a viabilidade das sementes sem semeá-las é possível desde que acondicionadas em sacos plásticos duplos (250-500 sementes por embalagem), em temperatura de 20 ºC, por até 90 dias, evitando-se o ambiente de geladeira. Outro método prático consiste no acondicionamento em duplos sacos plásticos utilizando, para um determinado volume de sementes, igual quantidade de serragem parcialmente decomposta ou vermiculita. É importante que, independentemente do substrato utilizado, este seja levemente umedecido para que as sementes não desidratem. Um dos inconvenientes desse procedimento é a elevada ocorrência de germinação aos 60 dias.