Na pupunheira, a estrutura que é extraída do fruto é o pericarpo, composto pelo epicarpo (casca), mesocarpo e endocarpo lenhoso, que recobre a semente. A semente, portanto, está dentro do endocarpo lenhoso (pirênio). Um quilograma de frutos tem, em média, 400 sementes. Não se tem conhecimento, no momento, de equipamento para a extração mecânica das sementes de frutos da pupunheira. Assim, as sementes são extraídas manualmente dos frutos, cortando-os longitudinalmente em duas partes. Após a extração, as sementes são imersas em água limpa por até três dias para a retirada da polpa aderida ao endocarpo. A água deve ser trocada diariamente. Depois desse período, as sementes densas e viáveis acumulam-se no fundo do recipiente, enquanto as sementes indesejáveis ficam sobrenadantes e devem ser descartadas. As sementes que estão no fundo do recipiente são submetidas a limpeza por abrasão em peneira de malha grossa para eliminação total dos restos da polpa.

As sementes da pupunheira são recalcitrantes e precisam ser mantidas com alto grau de umidade. Por isso, ficam suscetíveis a fungos e necessitam de medidas preventivas, como a desinfestação por imersão em água com hipoclorito de sódio a 1% por 15 minutos.

No caso de serem adquiridas sementes, antes da semeadura deve-se colocá-las de molho em água por um dia visando a reidratação das viáveis e a eliminação daquelas inviáveis, que flutuam.