Os maiores valores de germinação e vigor das sementes de pupunheira foram observados no octogésimo dia após a abertura das flores (antese). Esse momento também coincide com o máximo teor de matéria seca das sementes (55%), e, por isso, pode-se afirmar que esse é o ponto de maturação fisiológica das sementes dessa espécie. A mudança de coloração de verde para amarela ou alaranjada em pelo menos 50% dos frutos do cacho (racimo), pode ser um bom indicador visual de maturidade da semente. Após o ponto de maturação fisiológica, ocorre progressivamente o aumento da dormência das sementes. Nos frutos de maturação tardia, a dormência é superada parcialmente, na razão direta do período de tempo de permanência das sementes nos frutos. Contudo, o armazenamento das sementes de maturação precoce nos frutos causa a redução da germinação.

A desidratação das sementes recalcitrantes da pupunheira afeta o vigor, danificando as membranas celulares, tornando a germinação mais lenta, o que causa a diminuição do crescimento das plântulas.

O teor de água crítico das sementes de pupunha é atingido quando ocorre perda igual ou superior a 40% do teor de água inicial. Perdas iguais ou acima de 70% do teor de água inicial das sementes levam à letalidade. As sementes de pupunheira apresentam germinação inicial de 59 a 84% quando não desidratadas. As reduções significativas na germinação e vigor iniciam-se a partir de teores de umidade entre 28 e 23%. A germinação e o vigor das sementes são influenciados pelo manejo das sementes, pelas condições ecológicas e cultivo e possivelmente pelo componente genético.