As sementes podem ser contaminadas por diversos fungos no campo e nas operações subsequentes - colheita e beneficiamento -, o que afeta a sua qualidade. Durante a colheita das sementes, muitas vezes os frutos são coletados no chão e, com isso, podem ser contaminados por fungos. Alguns desses patógenos, como Fusarium spp. e outros, podem associar-se à superfície das sementes e, mais tarde, provocar a morte  de plantas. Nos levantamentos já conduzidos, Fusarium spp. foi comum na maioria das amostras. Além deste fungo, já foram observados Ceratocystis paradoxa e Colletotrichum gloeosporioides. A incidência destes patógenos está associada a lotes com baixa porcentagem de germinação. Para recuperar esta falha, é necessária uma nova semeadura, o que onera os custos de produção, além do risco da muda infectada levar a doença para o campo. Portanto, deve-se adquirir sementes de fornecedores idôneos.