Normalmente, nos dois primeiros anos de plantio, a pupunheira exige intensos tratos culturais para o controle de plantas daninhas. Para seu controle, a principal prática é a roçagem manual ou mecanizada. O uso da capina deve ser evitado, pois a pupunheira apresenta sistema radicular superficial. Em áreas onde há ocorrência de temperaturas altas e regime intenso de chuvas, o crescimento de plantas daninhas é extremamente rápido, principalmente nas estações de primavera e verão. Nessas áreas, é conveniente que o produtor proceda a roçagem de forma mecanizada. Essa opção pode significar redução de custo e de mão de obra utilizada. O uso de herbicida é eficiente. Entretanto, devido aos problemas ambientais, seu emprego deve ser limitado.

Há outros métodos alternativos para o controle de plantas daninhas. Um deles é o uso de papelão tratado com sulfato de cobre feito na dosagem de 0,3 g/litro de água, embebido por um período de 24 horas. O uso desse método reduz, continuadamente, a infestação de plantas daninhas em torno do estipe das plantas, atua como regulador da radiação solar e da temperatura do solo, contribui para uma retenção mais eficiente de água no solo e, também, por uma menor competição pelos nutrientes incorporados ao solo via adubação. Além desses benefícios, seu efeito residual contribui para a formação de árvores-mãe com copas frondosas, estipes bem desenvolvidos e touceiras com perfilhos com bom crescimento.

O uso de cobertura morta é outro método de controle de plantas daninhas que pode ser usado nos plantios da pupunheira para palmito. Quando da roçagem, os resíduos vegetais produzidos podem ser utilizados em torno da planta e, também, distribuídos nas entrelinhas de plantio. Esse tipo de manejo, além de promover a incorporação ao solo dos nutrientes existentes no material roçado mediante a ciclagem de nutrientes, ajuda a manter sua umidade.

Outra boa alternativa para o controle de plantas invasoras é o uso do amendoim forrageiro (Arachis pintoi). Porém, deve-se ter alguns cuidados com seu crescimento agressivo em relação aos perfilhos. O plantio dessa espécie pode ser feito a lanço ou por mudas. Quando feito a lanço, as sementes de A. pintoi devem ser semeadas logo após o preparo do solo para a implantação dos plantios de pupunheira. Neste caso, as operações de aração e de gradagem contribuem para a eliminação de plantas daninhas e, consequentemente, fazem com que as sementes tenham contato direto com o solo. Isto proporciona condições para uma rápida germinação, evita perdas devido a servirem de alimentos para pássaros de pequeno porte e, dessa forma, as plântulas demandarão pouco tempo para recobrir o solo.