Uma das alternativas para o aproveitamento de matérias-primas oleaginosas envolve a quebra das moléculas de triglicerídeos em moléculas menores, através da reação entre os óleos vegetais e um álcool, normalmente metanol ou etanol. O produto dessa reação, denominada de transesterificação, é uma combinação de ésteres metílicos ou etílicos de ácidos graxos, chamados genericamente de biodiesel. O outro produto da reação é a glicerina, uma matéria-prima importante na indústria de alimentos, cosméticos e produtos químicos.

Pode-se dizer que o biodiesel tem características similares ao diesel no que diz respeito à viscosidade, densidade e poder calorífico, podendo ser usado puro ou misturado ao diesel em qualquer proporção para alimentar o motor, sem que seja necessária modificação alguma. A queima do biodiesel gera 98% menos enxofre, responsável pela chuva ácida e problemas respiratórios, 78% menos gases de efeito estufa e 50% menos material particulado (fumaça preta), que também é responsável por problemas respiratórios. Além disso, o biodiesel tem número de cetano equivalente ao diesel (mesmo efeito detonante ou de autoinflamação), possui teor médio de oxigênio em torno de 11% e apresenta maior ponto de fulgor que o diesel convencional. Além dessas vantagens, o biodiesel produzido a partir de etanol possui um ciclo fechado de carbono, ou seja, as emissões de CO2 que ele gera são compatíveis com as absorvidas pelas plantações das oleaginosas e da cana-de-açúcar. Na sua forma pura, o biodiesel pode ser armazenado em qualquer lugar onde o petróleo é armazenado, e pelo fato de ter maior ponto de fusão, o seu transporte é mais seguro que do diesel, gasolina e álcool.