No contexto mundial, o Brasil apresenta vantagens territoriais, climáticas e tecnológicas no processo produtivo da soja. No entanto, essa vantagem diminui quando se considera o complexo soja como um todo. Dentre os principais fatores associados a essa perda, está a logística de transporte (rodovias, ferrovias, hidrovias e portos). As deficiências de logística no transporte afeta significativamente a competitividade internacional das exportações brasileiras, principalmente para produtos com baixo valor agregado, como é o caso da soja em grão. Os problemas de escoamento, juntamente com as deficiências na capacidade de armazenagem, representam um dos principais pontos de estrangulamento do agronegócio brasileiro.

O modal de transporte mais utilizado no Brasil é o rodoviário (67%), muito mais caro que o ferroviário e, mais ainda, que o hidroviário.  O papel do modal rodoviário deveria ser o de atuar nas “pontas”, levando os produtos aos terminais ferroviários e/ou hidroviários, que respondem por apenas 28% e 5%, respectivamente, do total da soja transportada no país. Paralelamente, os EUA transportam 61% da sua produção por hidrovias e apenas 23% é transportada por rodovias. Quanto à Argentina, embora o transporte rodoviário seja responsável por cerca de 80% do escoamento da soja, as distâncias percorridas são relativamente pequenas (250 a 300 km) quando comparadas às do Brasil (900 a 1.000 km). Diante dos problemas estruturais do Brasil, o custo de escoamento da produção interna é, em média, 83% e 94% superior, respectivamente, ao dos Estados Unidos e da Argentina.

Os altos custos de transporte acabam tendo grandes reflexos negativos sobre os preços recebidos pelos produtores, especialmente àqueles localizados em regiões mais distantes dos portos. Para se ter uma idéia dessa realidade, os sojicultores de Sorriso e Campo Novo do Parecis (MT), distantes cerca de 2.000 km dos principais portos de exportação, pagam de frete, entre 29% a 34% do preço recebido pelo produto (2006). Esse alto custo de transporte pode ser fator limitante para a continuidade da expansão da cultura da soja no Brasil.

Outro problema relacionado ao escoamento interno da produção de soja é a concentração do seu escoamento logo após a colheita, acarretando problemas de congestionando nas estradas e nos terminais exportadores. Essa pressa em escoar o produto deve-se à falta de armazenamento nas propriedades ou próximo aos locais de produção.

Os produtos do complexo soja brasileiros destinados ao mercado externo (China e Europa, principalmente), são escoados através de dez corredores principais: Itacoatiara (AM), Santarém (PA), Itaqui (MA), Ilhéus (BA), Corumbá (MS), Vitória (ES), Santos (SP), Paranaguá (PR), São Francisco do Sul (SC) e Rio Grande (RS). Paranaguá, Santos e Rio Grande são responsáveis por quase 80% de toda a exportação.

A maioria dos portos apresenta problemas de acesso rodo e ferroviário (apenas os portos de Itaqui, Santos, Paranaguá, Rio Grande, São Francisco do Sul e Vitória têm acesso ferroviário) e problemas de calado. Estudos indicam que para não ter maiores problemas futuros para o escoamento das suas safras, o Brasil precisa ampliar a capacidade de escoamento dos seus portos em 31 milhões de toneladas, até 2012.

Por causa dessas deficiências na estrutura portuária brasileira, os custos de transporte da safra brasileira são elevados. Cálculos realizados pela multinacional Bunge e apresentados ao governo brasileiro em 2004, indicaram que as empresas que escoavam grãos para o mercado internacional naquele ano pagariam US$ 1,2 bilhão em multas decorrentes da espera dos navios nos portos nacionais. Esse custo de sobre-estadia é pago pelas empresas quando há atrasos portuários no embarque ou desembarque das mercadorias. O estudo indicou que essa espera nos portos nacionais é, em média, de 22 dias e que o custo por dia parado é de US$ 50.000,00. Quem paga, em última instância, é o produtor, que, por causa disso, recebe menos pela saca de soja vendida ao exterior.