No contexto do MIP-Soja, o controle dos insetos-pragas, via inseticida, deve ser entendido como a última medida a ser adotada pelo agricultor. Inseticidas químicos devem ser utilizados para regular populações das pragas da soja somente quando elas atingirem os níveis de controle, ou seja, quando oferecerem risco de perdas econômicas na produção. Além disso, o agricultor deve dar preferência para os inseticidas recomendados (Tabelas de Inseticidas) pelos órgãos oficiais de pesquisa e utilizar, preferivelmente, inseticidas seletivos, ou seja, que não afetam ou que afetam muito pouco a população de inimigos naturais das pragas. Finalmente, é recomendável não repetir o mesmo inseticida várias vezes na mesma área, sob pena de favorecer o aparecimento de resistência de uma dada praga a este inseticida utilizado.