A soja é um produto agrícola de curto canal de comercialização e exportação. Sua comercialização não requer beneficiamento especial após a colheita. A maior parte da comercialização (70%) dá-se através de empresas privadas transnacionais (Bunge, Cargill, ADM, Dreifuss...) e nacionais (A.Maggi, I.Riedi, Sperafico...). As cooperativas respondem pelos restantes 30% e estão mais presentes nos estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná e São Paulo, onde participam com 30%, 57%, 75% e 47%, respectivamente, da comercialização da safra. Nas demais regiões, sua participação é inexpressiva (6%), conforme indicado pela OCB/DETEC, 2005.

A concentração de cooperativas nos estados da região Sul está relacionada com a estrutura produtiva dessa região, onde predominam pequenas e médias propriedades, em contraste com a predominância das grandes propriedades da região Centro-Oeste.

Atualmente existem 1.662 cooperativas agrícolas, com 8.756.136 cooperados e empregando diretamente cerca de 111.074 pessoas. O avanço do cultivo da soja no Centro-Oeste, Norte e Nordeste não contribuiu para o aumento do cooperativismo na região, enquanto que na região Sul, onde já existia uma forte estrutura cooperativista capitaneada pelo trigo, a soja contribuiu para o aumento do número de cooperativas.

A participação das cooperativas na produção agrícola brasileira é mais importante para trigo (62%), cevada (44%), leite (40%), aveia (39%), algodão (39%) e suínos (32%) do que para a soja (OCB/DETEC, 2005). Com relação às agroindústrias, grande parte está localizada junto às principais zonas produtoras e o produto para processamento é adquirido diretamente do produtor. O farelo resultante do processamento da soja é ofertado aos mercados interno e externo e utilizado, principalmente, na elaboração de rações para alimentação animal, principalmente suínos e aves. O óleo produzido atende demandas interna e externa. A demanda interna consome cerca de 56% da quantidade produzida, o que corresponde a cerca de 90% do consumo de óleos vegetais comestíveis no Brasil. Há uma relação técnica entre as produções de farelo e óleo de soja. Entre uma safra e outra ou entre regiões, ocorrem variações mínimas no rendimento industrial de farelo e óleo, ficando, na média histórica, em torno de 80% de farelo e 20% de óleo bruto. O principal destino da soja e seus derivados é a exportação. Cerca de 38% do grão, 63% do farelo e 44% do óleo, seguem para o mercado externo (ABIOVE, 2005). Nos últimos 16 anos, a comercialização dos produtos do complexo soja brasileiro no mercado mundial tem aumentado significativamente. O crescimento da exportação de grãos foi o mais expressivo. No período de 1990 a 2005, a taxa anual média de crescimento das exportações de soja em grão foi de 14,82%, ao passo que a do óleo foi de 8,60% e do farelo, 3,16%. O grande aumento no volume de exportações de grãos se deu a partir de 1996, quando a China entrou no mercado comprando grandes quantidades de soja, principalmente grãos para as suas indústrias e com o advento da Lei Kandir, a qual desonerou do pagamento do ICMS as exportações de produtos industrializados semielaborados e produtos primários, favorecendo a exportação de grãos. O aumento das exportações de óleo nesses últimos anos tem sido sustentado, em ordem decrescente, pelo Irã, Índia, China e Bangladesh. As Figuras 1, 2 e 3 indicam o crescimento das exportações brasileiras de soja em grão, farelo e óleo.