As doenças são um dos principais fatores que limitam a exploração máxima do potencial de produtividade da soja. Mais de 40 doenças causadas por fungos, bactérias, nematoides e vírus já foram identificados no Brasil. Esse número continua aumentando com a expansão da soja para novas áreas, como consequência da monocultura e com a introdução de novas doenças. A importância econômica de cada doença varia de ano para ano e de região para região, dependendo das condições climáticas de cada safra. A ferrugem asiática, desde que começou a ocorrer no Brasil, em 2001, tornou-se o principal problema fitossanitário da cultura. Estima-se que entre 2001 e 2008, a ferrugem tenha causado perdas de 15 milhões de toneladas de soja.

O técnico e o produtor devem estar sempre buscando informações atualizadas sobre manejo, cultivares resistentes e controle químico, visando utilizar as técnicas mais eficientes de controle de doenças, de forma a realizar o cultivo sustentável da soja.