Soja infestada com plantas daninhas está sujeita a diferentes formas de interferência. Os danos podem se manifestar pela competição por elementos essências como luz, água e nutrientes, com conseqüências sobre o rendimento e a qualidade do produto. A interferência pode ocorrer também de forma indireta pela influência negativa sobre o manejo da cultura, a eficiência técnica da colheita e o beneficiamento de grãos.
As plantas daninhas podem servir de hospedeiras de pragas, doenças e nematóides, representando riscos não só para a soja como também para outras culturas em sucessão ou rotação, a exemplo do milho e trigo.

Para controlar plantas daninhas na cultura da soja utiliza-se na grande maioria das vezes o método químico. A soja é uma cultura de alto consumo de herbicidas, dadas as características de praticidade, eficiência e rapidez na execução oferecida pelo método químico. Herbicidas de pré e pós–emergência são utilizados, devendo-se seguir obrigatoriamente as especificações de uso de cada composto químico para que os efeitos desejados possam ser alcançados.

A capina manual ou mecânica compõe a lista das alternativas de controle. Embora sejam reconhecidamente eficientes, seu uso é cada vez menor. No caso da capina mecânica justifica-se pelas dificuldades operacionais inerentes à prática de controle e pelo grande percentual semeadura direta adotada no País. A capina manual é tecnicamente eficiente e tem um papel social importante mas seu uso tem sido restrito dada as implicações legais que podem ocorrer quando da contratação da mão de obra.     

O chamado controle cultural é outra importante ferramenta que o agricultor dispõe para eliminar as plantas infestantes.  O uso de boas práticas agrícolas propicia um ambiente favorável para o desenvolvimento vigoroso da soja fazendo com que ela possa competir com vantagem com as plantas invasoras, e com isso criar condições para que os herbicidas funcionem adequadamente, possibilitando ao longo dos anos a redução de doses, e em certos casos até mesmo a eliminação de produtos. Quanto mais rápido for o fechamento das entrelinhas da cultura, mais facilmente as infestantes serão abafadas. Outras práticas de manejo do dolo e da cultura podem ser incluídas nesse método, como rotação de culturas e o uso de coberturas mortas para ocupação da área na entressafra.

A semeadura direta de soja por exemplo, pode reduzir a infestação de capim-marmelada, seu banco de sementes, e o período de sobrevivência da espécie no solo. Resultados de pesquisa mostraram  emergência anual de 3%, em plantio direto enquanto que no sistema convencional foi de  9%. Em consequência, o período de sobrevivência dessa espécie pode mudar de 5,2 anos para 12 anos. A sobrevivência de uma espécie de folha larga como a trapoeraba pode variar de 22 para 42 anos respectivamente nos sistemas direto e convencional. A semeadura da soja, após culturas de inverno, como trigo e aveia, apresentam maiores emergências de capim-marmelada em meados de outubro, comparado com meses mais tardios de semeadura, em sistema convencional de semeadura.  O sistema de semeadura direta pode apresentar  emergência de 4 a 15 vezes menor. O pousio é uma das práticas menos desejadas, uma vez que facilita a produção de sementes de infestantes  na entressafra. A correção da fertilidade do solo e, a aplicação de calcário, reduziu os efeitos negativos da competição de amendoim-bravo com a cultura da soja, na ausência de herbicidas. Dados de um experimento de campo mostraram que a aplicação do calcário, sem a aplicação de herbicida, resultou em perda de 5% da produção, em comparação com 23%, na ausência de aplicação de calcário e herbicida.Mesmo sendo poucos os métodos de controle disponíveis, recomenda-se que a eliminação das invasoras seja feita dentro de um programa de manejo integrado, o qual deve estar inserido no manejo da área e da propriedade, e contemplar o uso contínuo e apropriado do solo. É preciso que o problema planta daninha seja tratado o ano inteiro. Manejar plantas daninhas não significa apenas aplicar produtos. Trata-se de uma filosofia de trabalho, cujos resultados e benefícios se manifestarão ao longo dos anos. É preciso ter a consciência de que as plantas daninhas no Brasil têm composição e dinâmica própria de um país tropical, o que as tornam capazes de se adaptar às diferentes práticas adotadas pelos produtores.