Soja infestada com plantas daninhas está sujeita a danos de diferentes causas. Os danos podem se resultar da competição por elementos essenciais como luz, água e nutrientes, afetando o rendimento e a qualidade do produto. A interferência pode ocorrer, também, de forma indireta, interferindo negativamente sobre o manejo da cultura, sobre o processo da colheita e sobre o beneficiamento dos grãos.As plantas daninhas podem ser hospedeiras de pragas, de doenças e de nematoides, representando riscos, não só para a soja, como também, para outras culturas em sucessão ou rotação, a exemplo do milho e do trigo.

Para controlar plantas daninhas na cultura da soja, via de regra se utiliza o método químico. A soja é uma cultura com alto consumo de herbicidas, dada as características de praticidade, eficiência e rapidez do método químico. Quando são usados herbicidas de pré e pós–emergência, deve-se seguir criteriosamente as especificações de uso de cada composto químico, para conseguir o controle desejado. O chamado controle cultural é outra importante ferramenta que o agricultor dispõe para controlar as plantas infestantes.  O uso de boas práticas agrícolas  propicia um ambiente favorável para o desenvolvimento vigoroso da soja, fazendo com que ela possa competir vantajosamente com as plantas invasoras e com isso, criar condições para que os herbicidas funcionem adequadamente, possibilitando, no correr dos anos, a redução de doses e,, até mesmo, dispensar o uso de produtos químicos. Quanto mais rápido for o fechamento das entre–linhas da cultura, mais facilmente as invasoras serão abafadas. Outras práticas podem ser incluídas nesse método, como rotação de culturas e o uso de coberturas mortas na entressafra.

A capina manual ou mecânica é outra alternativa eficiente, mas cada vez menos utilizada. A capina mecânica está sendo pouco utilizada pelas dificuldades operacionais inerentes á pratica e pelo elevado percentual de uso da semeadura direta adotada no Pais. A capina manual é tecnicamente eficiente e tem um papel social importante, mas seu uso tem sido restrito pelos custos e implicações legais na contratação da mão de obra.      

Finalmente, recomenda-se que o controle das invasoras seja feito dentro de um programa de manejo integrado, inserido no manejo da área e da propriedade como um todo. É preciso que o problema das plantas daninhas seja tratado durante o ano inteiro.

Manejar plantas daninhas não significa apenas aplicar produtos. Trata-se de uma filosofia de trabalho, cujos resultados e benefícios se manifestarão ao longo dos anos. É preciso ter a consciência de que as plantas daninhas no Brasil têm composição e dinâmica própria de um país tropical, o que as tornam capazes de se adaptar às diferentes práticas adotadas pelos produtores.