Com o advento da soja geneticamente modificada para a resistência ao herbicida glyphosate, os quase 40 produtos ou combinações de produtos utilizados atualmente na soja convencional serão substituídos por um único ingrediente ativo, o glyphosate.

Trata-se de um herbicida sistêmico, não seletivo com espectro de ação sobre cerca de 154 espécies ocorrentes no Brasil. Não possui efeito residual, pois é fortemente adsorvido ao solo, onde é degradado principalmente pela atividade microbiana. É um produto pouco lixiviado e volatilidade praticamente nula. Atua na síntese de aminoácidos de cadeia aromática inibindo a EPSPs (enol-piruvil-shiquimato-fosfato sintase) cuja rota sintetiza proteínas, vitaminas (K e E), hormônios, alcalóides e outros produtos essenciais ao crescimento e desenvolvimento das plantas. As plantas pulverizadas com glyphosate paralisam o crescimento, murcham, ficam cloróticas, necrosadas e morrem.

As culturas modificadas geneticamente para resistência ao glyphosate apresentam uma sequência alterada para a enzima EPSPs o que é feito pela introdução de um gene denominado CP4 proveniente de uma bactéria do gênero Agrobacterium, encontrada no solo e que confere insensibilidade à enzima EPSPs.

A possibilidade de uso de glyphosate representa uma importante alternativa de controle, inclusive dos biótipos resistentes aos herbicidas utilizados atualmente na soja convencional. Mas é preciso levar em consideração que a tecnologia da soja RR deve ser utilizada como parte de um programa de manejo integrado.

Algumas espécies são altamente sensíveis a este produto, enquanto outras são consideradas tolerantes e preocupam pela possibilidade de disseminação e aumento de infestação nas áreas cultivadas com a soja transgênica. A trapoeraba (Commelina benghalensis) é um exemplo de potencial para se tornar problema de controle desde que, medidas de manejo não sejam adotadas. Trata-se de uma espécie que se adapta com facilidade em diferentes ambientes, apresenta intensa resposta à calagem e adubação do solo, hospedeira de pragas e moléstias. É uma planta considerada perene que se reproduz por sementes aéreas, subterrâneas e multiplica-se também a partir do enraizamento de porções do caule.

A corda-de-viola também compõe a relação das espécies consideradas de difícil controle por glyphosate. A julgar pelo que se observa na relação plantas daninhas – glyphosate, é possível incluir outras espécies com condições de expandir sua população na soja transgênica. Entre elas estão a poaia-branca, a erva-de-santa-luzia, a erva-de-touro, e a erva-quente.  Além do risco da seleção das espécies de difícil controle, a resistência de biótipos de buva e azevém, já é uma realidade no Brasil. Casos de resistência podem ser prevenidos e resolvidos, tanto na soja convencional como na transgênica (RR), com a adoção de técnicas de manejo.

Muitos produtores de soja transgênica (RR) deixam de fazer o controle das plantas daninhas que nascem antes da semeadura da soja aproveitando para controlar com a aplicação de pós-emergência feita na cultura. Em muitos casos nestas condições, por ocasião da aplicação, já iniciou o processo de competição entre a cultura e as plantas indesejadas, trazendo prejuízos à cultura muitas vezes, não observados visualmente pelos agricultores.