Na maioria das vezes o problema é consequência de distúrbios fisiológicos, por interferirem na formação ou no enchimento dos grãos, tendo como possíveis causas o estresse hídrico, por falta ou excesso de água, os danos por percevejos e o desequilíbrio nutricional das plantas.

A seca acentuada durante a fase final de floração e formação das vagens pode causar abortamento de quase todas as flores restantes e vagens recém formadas. Isso pode induzir a uma segunda florada, normalmente infértil, resultando em retenção foliar pela ausência de demanda pelos produtos da fotossíntese. A situação pode se agravar com excesso de chuvas durante a maturação, que propicia a manutenção de hastes e vagens verdes e favorece o aparecimento de retenção foliar, mesmo em plantas com carga de legumes satisfatória. A sensibilidade a esse fenômeno é variável entre cultivares.

As causas mais comuns do problema têm sido os danos por percevejos e o desequilíbrio nutricional relacionado ao potássio. O controle deficiente dos percevejos é mais comum em lavouras semeadas após a época recomendada, bem como quando se usam cultivares tardias, por haver migração de populações do inseto, de lavouras em estágio final de maturação ou recém-colhidas, para as lavouras com vagens ainda verdes. Por sua vez, devido a causas de ordem nutricional, observou-se que a ocorrência de retenção foliar e/ou senescência (amadurecimento antecipado e perda de folhas, ou envelhecimento) anormal da planta de soja está associada com baixos níveis de potássio no solo ou valores superiores a 50 da relação (Ca + Mg)/K. Nessas condições pode ocorrer baixo “pegamento” de vagens, vagens vazias e formação de frutos partenocárpicos.Não há solução para o problema, quando já estabelecido. Porém, poderá ser minimizado pela adoção das tecnologias de produção indicadas para a cultura da soja.